Oikean perämoottorin valinta edellyttää monien tekijöiden huolellista huomioon ottamista. Veneen koko ja sen käyttötarkoitus ovat ehkä tärkeimmät kaksi. Muita huomioita moottoria valittaessa ovat veden tyyppi, johon venettä käytetään, sekä veneen omistajan kokemus; kokemattomat veneenomistajat valitsevat perämoottorin, joka ei ole yhtä tehokas kuin kokeneiden veneen käyttäjien käyttämä tyyppi. Moottorin rakenne voi myös olla ratkaiseva tekijä, koska kaikkia malleja ei ole saatavana kaikissa kooissa.
Perämoottorin asettaminen liian suurelle veneelle voi aiheuttaa monia ongelmia. Yksi merkittävimmistä on veneen kyvyttömyys nousta koneeseen. Pieni moottori ei pysty tuottamaan nopeutta, jotta suuri vene voi nousta ylös vedestä. Tämä voi olla myös turvallisuusongelma, koska moottori ei ehkä pysty työntämään suurta venettä voimakasta virtaa vastaan. Tämä voi johtaa veneen hallitsemattomuuteen ja tuulen ja virran armoille.
Toisaalta, jos hitaalle uistelulle tarkoitetussa aluksessa käytettävä perämoottorimoottori on liian suuri, moottori voi kärsiä jatkuvasta hitaasta nopeudesta. Likaantuneita sytytystulppia ja ylikuumenemista esiintyy usein, kun suurta moottoria käytetään erittäin hitaalla nopeudella pitkiä aikoja. Toinen vaihtoehto on 2- tai 4-tahtimoottori. Usein 4-tahtimoottori toimii hitaammilla nopeuksilla paljon paremmin kuin 2-tahtinen. Jälkimmäinen kärsii öljyvoitteisista tulpista, jos sille ei anneta mahdollisuutta puhdistaa itseään nopealla juoksulla.
Suuremman perämoottorimoottorin valtavan tehon ansiosta kokematon veneen omistaja on usein viisasta valita pienempi, vähemmän tehokas. Suuren moottorin työntäminen ylemmälle suorituskyvylle voi usein hukuttaa kokemattoman veneilijän ja johtaa katastrofiin. Huippunopeudella liikkuva vene järkyttyy helposti pienimmistäkin säätimien liikkeistä. Pienemmällä moottorilla aloittaminen on tuottava tapa hankkia kokemusta. Kun se on hallittu, pienempää perämoottoria voidaan vaihtaa suuremmalla mallilla tai käyttää toisella varaveneellä.