Oikean hedelmättömyyshoidon valinta riippuu useista tekijöistä, mukaan lukien potilaan hedelmättömyyden syy. Esimerkiksi paras hoito lapselle, joka on hedelmättömyys riittämättömien hormonitasojen vuoksi, voi poiketa oikeasta kurssista sellaiselle, jolla on lisääntymishäiriöitä. Samoin iällä, yleisellä terveydellä, mieltymyksellä tulla vanhemmaksi ja sukupuolella on kaikilla tärkeä rooli oikeiden hoitovaihtoehtojen valinnassa.
Ensimmäinen askel parhaan hedelmättömyyshoidon valitsemisessa on fyysinen tutkimus. Fyysinen tentti, jonka suorittaa pätevä lääkäri, voi paljastaa taustalla olevat olosuhteet, jotka voivat johtaa tai pahentaa hedelmättömyyttä. Esimerkiksi sukupuolitauti tai kilpirauhasongelma voi häiritä hedelmöitystä. Lisäksi kohdennettu hedelmällisyystestaus voi auttaa yksilöimään yksilön tai parin lisääntymisterveyteen liittyviä ongelmia.
Kun fyysinen tentti ja hedelmättömyystestaus on suoritettu, lääkäri keskustelee tyypillisesti havaituista ongelmista ja hedelmättömyyden hoitovaihtoehdoista potilaan tai pariskunnan kanssa. Tämä voi paljastaa parhaan hoitomuodon heti. Jos ongelma on esimerkiksi alhainen siittiöiden määrä, lääkäri voi suositella infektioiden hoitoa, hormonikorvausta tai jopa leikkausta onnistuneen raskauden mahdollisuuksien lisäämiseksi. Jos hoitovaihtoehdot eivät houkuttele pariskuntaa tai eivät todennäköisesti toimi, keinosiemennys voi osoittautua paremmaksi vaihtoehdoksi. Joissakin tapauksissa hedelmättömyyden syyt ovat edelleen vaikeita ja lisätutkimukset ovat tarpeen.
Joskus paras hedelmättömyyshoito on ilmeistä potilaan halun vuoksi välttää leikkausta. Jos esimerkiksi tarvitaan leikkausta munanjohtimien estämiseksi, nainen saattaa haluta valita in vitro -hedelmöityksen luovuttajan munilla leikkauksen välttämiseksi. Toisaalta pari voi haluta lasta, joka on biologisesti sukua äidille. Tällaisessa tapauksessa paras hoito voi itse asiassa olla leikkaus tai vastaava toimenpide, jota voidaan käyttää munanjohtimien tai muiden ongelmien puhdistamiseen.
Usein iällä on tärkeä osa parhaan hedelmättömyyshoidon valinnassa. Esimerkiksi vanhempi henkilö tai pariskunta voi tuntea tarpeelliseksi käyttää mahdollisimman aggressiivista hoitomuotoa. Tämä johtuu siitä, että naisen hedelmällisyys yleensä heikkenee iän myötä, joten vanhempi nainen tai pariskunta voi tuntea enemmän paineita menestyä heti. Nuorempi nainen tai pariskunta voi kokea enemmän aikaa kokeilla ja valita vähintään invasiiviset, helpommat hoidot, ainakin aluksi.
Kustannukset ovat vielä yksi tärkeä näkökohta oikean hedelmättömyyshoidon valinnassa. Jotkut hedelmällisyyshoidot voivat maksaa tuhansia dollareita. Lisäksi joillakin on alhainen onnistumisprosentti ensimmäisellä tai jopa toisella yrityksellä. Yksilö tai pariskunta voi perustaa ainakin osan tästä päätöksestä kohtuuhintaan.