Parhaan yrttihoidon valitseminen bakteerivaginoosille on usein kokeilu- ja erehdyskysymys, koska jokainen ihminen reagoi eri tavalla jokaiseen lääkkeeseen. Lääkärin tulee kuulla tarkan diagnoosin saamiseksi ja keskustella mahdollisista sivuvaikutuksista ja lääkkeiden yhteisvaikutuksista, ennen kuin käytät yrttilääkettä bakteerivaginoosiin. Jotkut suosituimmista yrtteistä tämän tyyppisten emättimen infektioiden hoidossa ovat teepuuöljy, echinacea ja goldenseal. Lisäravinteita, kuten mustapähkinäuute, aloe vera ja valkosipuli, voidaan käyttää myös tämän tilan hoitoon. Vaikka bakteerivaginoosin yrttihoitoa voidaan yleensä käyttää yhdessä perinteisempien lääkkeiden kanssa, sitä ei tule käyttää asianmukaisen lääketieteellisen hoidon korvikkeena.
Teepuuöljy on luultavasti antibakteeristen ja antiseptisten ominaisuuksiensa vuoksi suosituin yrttihoito bakteerivaginoosille. Kantajaöljyä, kuten oliiviöljyä, tulisi käyttää tämän tuotteen laimentamiseen ennen levittämistä, koska iho voi ärsyttää ja vaurioittaa emättimen herkkiä limakalvoja. Monien naisten uskotaan olevan tehokkaampia emättimen sisällä, ja he haluavat liottaa tamponin teepuuöljyliuokseen ja asettaa sen pari tuntia kerrallaan.
Echinaceaa ja goldensealia käytetään usein bakteerien aiheuttamien emättimen infektioiden hoitoon. Immuunijärjestelmän toiminnan parantamiseksi ajateltuna echinacea voi auttaa kehoa taistelemaan bakteeri -infektiota vastaan luonnollisesti. Vatsavaivat ja allergiset reaktiot ovat echinacean mahdollisia sivuvaikutuksia. Goldensealin uskotaan torjuvan bakteeri- ja hiiva -infektioita, ja sitä käytetään myös immuunijärjestelmän tehostajana. Tämä yrtti voi olla myrkyllistä vastasyntyneille, eikä sitä tule käyttää raskaana oleville tai imettäville naisille.
Mustapähkinäuutetta ja aloe veraa käytetään yleisesti emättimen infektioiden ja niihin liittyvien oireiden hoitoon. Mustan pähkinäöljyä sisältävät tinktuurit voidaan ottaa suun kautta verenkierron bakteereja vastaan. Jotkut tutkimukset ovat viitanneet siihen, että mustapähkinäöljyä pitkiä aikoja käyttävillä voi olla suurempi riski sairastua suun syöpään. Aloe veraa pidetään turvallisena useimpien ihmisten käyttöön ja se auttaa lievittämään bakteerivaginoosiin liittyvää kipua ja kutinaa.
Valkosipulin on tiedetty vuosisatojen ajan olevan antibakteerisia ominaisuuksia ja sitä voidaan käyttää yrttilääkkeenä bakteerivaginoosiin. Vaikka jotkut naiset käyttävät valkosipulinkynsiä emättimen peräpuikkoina, merkittävä ihon ärsytys on mahdollista, kun tämä menetelmä valitaan. Turvallisempi valinta on lisätä tuoretta valkosipulia resepteihin tai ottaa valkosipulilisä, joka on saatavana ilman reseptiä useimmissa apteekeissa.