Pöytätietokoneen suojaus on prosessi, jolla varmistetaan, että tietokone on turvassa ulkoisilta uhilta. Nämä uhat ilmenevät yleensä, kun tietokone on yhteydessä Internetiin, mutta ne voivat levitä myös käyttämällä vaarallisia laitteita, jotka ovat saaneet tartunnan toisessa tietokoneessa. Suojaus voi suojata tietokonejärjestelmän luvattomilta käyttäjiltä, jotka yrittävät käyttää osia tai koko verkkoa, jota he eivät saa käyttää. Fyysiset turvajärjestelmät voivat myös suojata tietokonetta siitä, että se poistetaan väkisin yrityksestä tai kodista.
Lähes kaikissa uusissa tietokoneissa on ilmaisia suojausominaisuuksia. Pöytätietokoneiden vakioturva sisältää salasanasuojauksen. Tätä sovelletaan tietyille tietokoneen kiintolevyn suuririskisille alueille, jotka sisältävät arkaluonteisia tietoja tai jotka voivat pilata tietokoneen, jos niitä käsitellään. Haittaohjelmien torjuntaohjelmisto on myös vakiomuotoinen pöytätietokoneiden suojaus, joka sisältyy usein maksutta uusiin tietokonejärjestelmiin.
Haittaohjelma on haittaohjelmiston muoto, joka luodaan häiritsemään tietokoneen normaaleja toimintoja. Se voi myös varastaa tietoja ja jakaa ne takaisin ohjelmiston luojalle. Nämä tiedot voivat olla yhtä yksinkertaisia kuin tiedot siitä, millä verkkosivustoilla käyttäjä vierailee ja joita voidaan käyttää laittomaan kohdistettuun mainontaan. Ne voivat olla myös luottokorttitietoja tai muita henkilökohtaisia tietoja, joita hakkeri voi käyttää varastamaan rahaa käyttäjältä. Haittaohjelmia luodaan vuosittain enemmän kuin laillisia ohjelmistoja, ja ne kohdistuvat sekä suuryrityksiin että kotitietokoneiden käyttäjiin, joten pöytätietokoneiden suojaus on välttämätöntä tämän uhan torjumiseksi.
Kuten mikä tahansa kallis laite, myös tietokone voidaan kohdistaa fyysiseen varkauteen. Vaikka useimmat pöytätietokoneiden suojausmuodot eivät käsittele suoraan tätä ongelmaa, fyysisten tietokoneiden suojalaitteiden markkinat kasvavat. Joidenkin tietokoneiden fyysinen rakenne on osa, joka voidaan lukita muuhun työasemaan, mikä vaikeuttaa luvatonta poistamista. Tällaisilla ominaisuuksilla varustetuissa henkilökohtaisissa tietokoneissa ja kannettavissa tietokoneissa kaikki laitteistot voidaan lukita, mikä vaikeuttaa fyysistä varkautta. Nämä ovat tarpeellisempia suurissa tietokonelaboratorioissa kuin kotikäyttöön, mutta jotkut käyttäjät pitävät niitä parempana tarjoamansa lisäturvan vuoksi.
Kun verrataan kahta suurta yleisölle saatavilla olevaa tietokonekäyttöjärjestelmää, Applen Mac OS® mainostaa parempaa pöytätietokoneen suojausta kuin kilpaileva Microsoft® Windows® -käyttöjärjestelmä. Vaikka tämä on yleensä totta, vaikka käyttäjä käyttäisi Mac OS® -käyttöjärjestelmää, jossa on uusin saatavilla oleva haittaohjelmien torjuntaohjelmisto, hänen turvajärjestelmä saattaa silti ylittyä. Ei ole mitään keinoa varmistaa, että järjestelmän pöytätietokoneen turvallisuus tekee siitä täysin turvallisen. Hyvä turvajärjestelmä voi kuitenkin estää useimmat uhat ja on erittäin tärkeä kaikille käyttäjille, jotka haluavat käyttää Internetiä.