Vaikka tutkimuspaperin oikea rakenne voi vaihdella tieteenaloittain, se koostuu yleensä neljästä pääosasta: johdanto, teksti, päätelmä ja lähdeluettelo. Tietäen kuinka rakentaa tutkimuspaperin osat voidaan yksinkertaistaa kirjoitusprosessia. Johdannossa on esitettävä paperin pääväite tai opinnäytetyö, ja sen pitäisi siirtyä yleisestä tiedosta tarkempaan tietoon. Teoksen tulisi koostua itsenäisistä kappaleista tai osista, joista jokainen puolustaa opinnäytetyötä uudella tavalla, ja johtopäätöksen tulee tehdä tiivistelmä työstä ja joissakin tapauksissa ehdottaa, missä lisätutkimuksia voidaan tarvita. Lopuksi viitteet on yleensä lueteltava aakkosjärjestyksessä ja muotoiltava muussa paperissa käytetyn tyylin mukaisesti.
Yksi tutkimuspaperin tärkeimmistä osista on johdanto, joka valmistaa lukijaa sen jälkeisille tiedoille esittämällä tutkielman väitöskirjan. Paperin pituudesta ja opettajan asettamista vaatimuksista riippuen johdanto voi koostua yhdestä kappaleesta tai useasta kappaleesta. Hyvän esittelyn luomiseksi voi olla hyödyllistä edetä yleisestä erityiseen. Esimerkiksi opiskelija, joka kirjoittaa tutkimuspaperin ja väittää, että aurinkoenergia on paras uusiutuvan energian muoto, voisi aloittaa esittelyn muutamalla lauseella, jotka tarjoavat yleistä taustatietoa uusiutuvasta energiasta, ja jatkaa sitten oman väitteensä esittämistä.
Runkokappaleet ovat tutkimuspaperin osia, joissa esitetään todisteita kirjoittajan väitöskirjan tueksi. Jokaisen tekstikappaleen tulisi olla itsenäinen yksikkö, joka käsittelee paperin argumentin erillistä osaa. Esimerkiksi paperi, joka puolustaa aurinkovoimaa, saattaa sisältää yhden kappaleen, joka selittää, että aurinko tarjoaa luotettavan energialähteen, ja jossa todetaan, että laitteet aurinkoenergian hyödyntämiseksi voivat olla suhteellisen edullisia, ja joka osoittaa, että aurinkoenergiaa voidaan helposti muunnetaan kotitalouksien sähköksi. Jokaisen kappaleen pääidea on sijoitettava kyseisen kappaleen alkuun. Tämän ajatuksen jälkeen pitäisi seurata muutama lause, jotka sisältävät konkreettisia todisteita siitä, että kirjailija on kerännyt tutkimusvaiheensa aikana.
Johtopäätös on yleensä yksi tutkimuspaperin lyhyimmistä osista, ja se vaatii tyypillisesti vain muutaman lauseen. Yleensä johtopäätöksen tulee toistaa paperin pääväite ja tiivistää sen sisältö hyvin lyhyesti. Ohjaajan mieltymyksistä riippuen sen on ehkä myös ehdotettava, miten lisätutkimus voisi jatkaa siitä, missä paperi loppuu.
Lopuksi useimmat tutkimuspaperit päättyvät luetteloon viitteistä, joihin viitattiin paperissa tai joita kuultiin kirjoittajan tutkiessa aihettaan. Yleensä tämä luettelo on esitettävä aakkosjärjestyksessä siten, että jokainen merkintä sisältää yksityiskohtaiset tiedot julkaistusta lähteestä. Koska viiteluetteloiden tarkat muotoilusäännöt voivat vaihdella suuresti tieteenaloittain, on tärkeää kuulla opettajaa selvittääkseen, miten kukin merkintä tulisi rakentaa.