Vaikka ei ole tyhmäkestävää tapaa välttää täysin äyriäisten ruokamyrkytys, on ryhdyttävä toimiin, jotta kulutuksesta saadaan suhteellisen turvallinen. Simpukoiden ruokamyrkytys tapahtuu useimmiten, kun äyriäisiä kulutetaan vedestä, joka voi olla punaisten vuorovesi- tai äskettäin saastunutta. Kaupallista äyriäisten teollisuutta säännellään ja toimintaa tarkastetaan säännöllisesti, joten useimmat kaupallisesti valmistetut simpukat ovat turvallisia syödä. Suurin osa äyriäisten ruokamyrkytyksistä tapahtuu, kun amatöörit keräävät ja syövät saastuneita äyriäisiä. On myös riskialtista syödä raakoja tai alipaistettuja äyriäisiä.
Kuten kaikki muutkin ruoat, äyriäiset voivat saastua bakteereista ja haitallisista mikro -organismeista väärän käsittelyn vuoksi. Simpukat on aina hankittava hyvämaineisista lähteistä. Älä koskaan syö äyriäisiä, jos olet epävarma lähteestä. Kaikki äyriäiset on valmistettava pestyillä käsillä ja puhtailla astioilla sekä puhtaassa työtilassa. Simpukoiden perusteellinen kypsentäminen tappaa monia haitallisia mikro -organismeja.
Joskus äyriäiset voivat sisältää myrkkyjä, jotka ovat lämmönkestäviä ja joita ei voida poistaa ruoanlaiton kautta. On parasta välttää äyriäisten syömistä lämpiminä kesäkuukausina, varsinkin jos punaiset vuorovedet ovat olleet vakavia. Punaisen vuoroveden aikana kasviplanktonipopulaatioita tulee niin paljon, että niiden elimet saavat veden näyttämään punertavalta. Tuotetaan luonnollisia myrkkyjä, joita äyriäiset voivat niellä. Koska äyriäiset ovat suodattimia, niiden elimet voivat kerätä toksiineja ja aiheuttaa sairauksia ihmisille tai eläimille, jotka syövät niitä.
Simpukoiden ruokamyrkytys voi ilmetä myös silloin, kun äyriäiset ovat saastuneet hepatiitti A- tai Norwalk -viruksista. Lisäksi on olemassa neljä tunnettua äyriäisten myrkytystyyppiä luonnollisen toksiinin kertymisestä. Amnesiakkimyrkytys ja neurotoksiset äyriäismyrkytykset voivat aiheuttaa sairauksia, mutta kuolemia ei tiedetä. Vuonna 1987 puhjennut amnesia-äyriäisten myrkytys Itä-Kanadassa oli 3 prosentin kuolleisuus. Paralyyttinen äyriäismyrkytys on tappavin, ja kuolleisuus on 1–12 prosenttia.
Joillakin populaatioilla on lisääntynyt äyriäisten aiheuttaman ruokamyrkytyksen riski. Näitä ovat lapset ja vanhukset, varsinkin jos heillä on heikentynyt immuunijärjestelmä. Useimmat äyriäisten myrkytystapaukset ratkeavat itsestään, mutta lääkäriin on hakeuduttava, jos epäillään äyriäisten ruokamyrkytystä. Joidenkin myrkytystyyppien oireet voivat ilmetä muutamassa minuutissa äyriäisten nauttimisesta, ja niihin kuuluvat huulten ja kielen pistely tai polttaminen, pahoinvointi ja vatsakipu. Muunlaiset äyriäismyrkytykset, kuten hepatiitti A, voivat kestää useita viikkoja oireiden ilmaantumiseen.
Vaikka punaisten vuorovesi esiintyy edelleen, on tärkeää muistaa, että suurin osa äyriäisten kulutuksesta on täysin turvallista. Koska kaupallisesti hankittuja äyriäisiä koskevat tiukat käytännesäännöt, yleisö nauttii äyriäisistä edelleen ilman liiallista huolta. Yleensä äyriäisten kulutuksen ravitsemukselliset hyödyt ovat yleensä suuremmat kuin kaikki myrkytysriskit, varsinkin jos simpukat hankitaan kaupallisesti ja keitetään perusteellisesti.