Hypnagogisiin hallusinaatioihin voi olla useita syitä, mukaan lukien huumeriippuvuuden sivuvaikutukset, erilaisten myrkyllisten aineiden nauttiminen tai hengittäminen ja joskus reseptilääkkeet tai käsikauppalääkkeet. Yleisimmin nämä hallusinaatiot ovat henkilöitä, jotka ovat kärsineet erilaisista unihäiriöistä tai joilla on psyykkisiä ongelmia aiemmin tai tällä hetkellä. Unihalvaus voi myös olla syy hypnagogisiin hallusinaatioihin, joita voi esiintyä samanaikaisesti tai erikseen. Unihalvaus on tila, jossa mieli herää ja estää henkilöä joutumasta riittävän syvään uneen, jotta hän voi todella uneksia.
Hypnagogisia hallusinaatioita kutsutaan hallusinaatioiksi, jotka esiintyvät joko juuri ennen nukkumaanmenoa tai juuri ennen heräämistä. Näitä voidaan pitää ongelmina, joita ihmiset tuntevat tai kokevat nukkumisen ja heräämisen välillä. Niihin kuuluvat elävät tunteet, kehon nykiminen äkilliseen heräämiseen, suurten tai välinpitämättömien kuvien näkeminen, jotka näyttävät epätodellisilta, ja äänten kuuleminen juuri ennen nukkumaanmenoa. Nämä aistiharhat ovat yleisempiä nuorilla, etenkin lapsilla, ja ne voivat aiheuttaa vakavia ongelmia, jos ne jatkuvat pitkään, joten lääkärin kuuleminen tulisi ajoittaa.
Kuten monet muutkin psyykkiset ongelmat, huumeriippuvuus voi aiheuttaa näitä hallusinaatioita. Reseptilääkkeet sekä myrkyllisten aineiden nieleminen tai hengittäminen kuuluvat myös tähän kohtaan, koska ne kaikki aiheuttavat muutoksia aivoihin ja niiden toimintaan. Aivojen käyttämät kemikaalit muuttuvat sellaiseen tilaan, että ne aiheuttavat tällaisia hallusinaatioita. On myös erilaisia mielenterveyshäiriöitä, jotka voivat aiheuttaa samantyyppisiä reaktioita aivoissa, minkä vuoksi on välttämätöntä hakea ammattiapua hypnagogisten hallusinaatioiden ilmetessä. Olipa kyseessä huumeongelma tai mielenterveysongelma, kemiallisten muutosten syy on löydettävä ja korjattava.
Näiden hallusinaatioiden lopullinen syy voi olla yhtä yksinkertainen kuin pää- tai selkävammat, jotka vaikuttavat aivoihin johtaviin hermoihin. Pään tai selkärangan vamma voi myös aiheuttaa aivojen kemikaalien lakkaa toimimasta kunnolla, varsinkin jos tiettyjä hermoja on puristettu. Kuten aiemmin todettiin, siksi on neuvoteltava lääkärin kanssa, kun hypnagogisista hallusinaatioista tulee ongelma. Vaikka perusoireet voivat olla vain haittaa, taustalla oleva ongelma voi olla vakavampi ja se tulisi eristää ja poistaa.