Muutokset organisaatiorakenteessa voivat johtua sulautumisesta tai yritysostosta, taloudellisista muutoksista ja prosessimuutoksista. Nämä muutokset aloitetaan yleensä siksi, että organisaatio haluaa vähentää kustannuksia, parantaa prosesseja tai lisätä viestintää. Sulautumisen tai yrityskaupan jälkeen yritys saattaa joutua järjestäytymään uudelleen prosessien päällekkäisyyden välttämiseksi ja molempien organisaatioiden vahvuuksien maksimoimiseksi. Taloudelliset muutokset voivat myös pakottaa muutoksia organisaatiorakenteeseen prosessien parantamiseksi tai kustannusten alentamiseksi. Prosessimuutokset voivat johtaa myös uudelleenjärjestelyihin, kun yritys haluaa tehostua tai muuttaa strategiaansa.
Sulautumiset ja yritysostot edellyttävät yleensä, että yksi organisaatio ottaa vastaan toisen organisaation työntekijät ja prosessit. Erityisesti silloin, kun molemmilla organisaatioilla oli erilaiset hierarkkiset rakenteet, organisaatiorakenteen muutoksia saatetaan tarvita. Uusi organisaatiorakenne ottaa molempien organisaatioiden vahvuudet maksimoidakseen sulautuneen yrityksen potentiaalin ja vähentääkseen heikkouksia, jotka kumpikin organisaatio esitti. Jos sulautuva tai ostettava yhtiö säilyttää organisaatiorakenteensa, toisen organisaation on silti muututtava voidakseen seurata resursseja ja päätöksiä molemmissa organisaatioissa.
Taloudelliset muutokset voivat pakottaa muutoksia organisaatiorakenteeseen. Kun suhdannesykli laskee taantumaan tai lamaan, yritykset järjestäytyvät usein uudelleen kustannusten alentamiseksi tai tehokkuuden lisäämiseksi. Jos yrityksellä on korkea hierarkkinen rakenne, se saattaa huomata, että keskitetyt päätökset voivat auttaa sitä lisäämään tuottavuutta ja asiakastyytyväisyyttä samalla kun he vähentävät työntekijöiden vaihtuvuutta. Jotkut organisaatiot tässä syklin vaiheessa päättävät ulkoistaa osastoja tai poistaa tarpeen tietyistä tehtävistä. Kun suhdannesykli on laajentumisvaiheessa, yritys voi havaita, että organisaatiorakenteen muutokset mahdollistavat sen, että se voi paremmin tukea haluansa investoida tutkimus- ja kehitystiimiin tai lisätä tuotevalikoimiensa määrää.
Prosessimuutokset voivat aiheuttaa muutoksia organisaatiorakenteeseen joko poistamalla tarpeettomat vaiheet tai lisäämällä uusia toimenpiteitä. Analysoimalla organisaation prosesseja voidaan havaita, että työntekijät tai yksiköt suorittavat olennaisesti samat tehtävät. Kaikkien prosessien päällekkäisyyksien poistamiseksi työntekijät tai osastot voidaan nimetä uudelleen tai poistaa kokonaan organisaatiorakenteesta. Yritys voi myös havaita, että olennaiset vaiheet puuttuvat, niitä ei ole osoitettu henkilölle tai osastolle tai ne eivät ole enää tarpeen. Jos näin on, liiketoiminta organisoituu uudelleen puuttuvien vaiheiden huomioon ottamiseksi tai sen varmistamiseksi, että työntekijät suorittavat vaiheet nykyisten tavoitteiden mukaisesti.