Protrombiinigeenin mutaatiot, jotka tunnetaan tekijä II -mutaatioina, liittyvät geneettisesti, joten ne hankitaan perinnöllä. Tämä geeni on vastuussa protrombiinin tuottamisesta, joka muuttuu trombiiniksi in vivo, joten tämä vika tunnetaan joskus trombiinigeenimutaationa. Trombiini puolestaan muuttaa vesiliukoisen fibrinogeenin liukenemattomaksi molekyyliksi, fibriiniksi, joka on olennainen osa veren hyytymismekanismia. Trombiinigeenimutaatiot ovat toiseksi suurin riskitekijä tromboosin tai syvien verihyytymien kehittymiselle verisuonten sisällä tekijä V-mutaation vieressä.
Trombiinigeenimutaatio on synnynnäinen, joten henkilöllä voi olla joko yksi tai kaksi kopiota mutatoidusta geenistä, ja kaksi kopiota saattaa yksilön paljon suurempaan tromboosiriskiin. Trombiinigeenimutaatio on autosomaalinen hallitseva mutaatio, mikä tarkoittaa, että henkilöllä, jolla on yksi kopio mutaatiosta, on 50 prosentin mahdollisuus siirtää se lapsilleen. Sekä miehillä että naisilla ja minkä tahansa veriryhmän henkilöillä on sama riski periä tämä geeni ja saada siihen liittyvä tromboosiriski.
Tätä mutaatiota ei yleensä peritä muiden mutaatioiden kanssa, ja siihen liittyy pistemutaatio protrombiinigeenin kohdassa 20210, joka sijaitsee 11. kromosomissa. Noin 1-2 prosenttia valkoihoisista väestöstä on heterotsygoottinen tekijä II -mutaation suhteen, mikä tarkoittaa, että näillä ihmisillä on yksi kopio viallisesta geenistä. Muiden rotuun kuuluvien ihmisten esiintyvyys on paljon alhaisempi.
Kun tämä mutaatio periytyy, se hidastaa protrombiinin lähettäjä -RNA: n hajoamista, mikä lisää protrombiinin tuotantoa, mikä johtaa suurempaan trombiinin määrään veressä. Hyytymisprosessi voi puolestaan tapahtua paljon helpommin, koska ylimääräinen trombiini osallistuu fibriinin muodostumisen kaskadiin, joka voi päättyä tromboosiin. Trombiinigeenimutaatio lisää syvän laskimotromboosin riskiä noin kaksi tai kolme kertaa. Kohonneista trombiinipitoisuuksista on myös muita terveysriskejä, erityisesti toistuva keskenmeno.
Trombiinigeenimutaatio lisää tromboosiriskiä, mutta se ei välttämättä tarkoita, että henkilö kehittää tämän häiriön. On olemassa muita riskitekijöitä, jotka voivat lisätä tromboosin mahdollisuuksia, erityisesti geenin mutatoidun kopion avulla. Näitä riskitekijöitä ovat suun kautta otettavien ehkäisyvalmisteiden käyttö, toisen geneettisen mutaation periminen, joka tunnetaan tekijä V -mutaationa, raskaaksi tuleminen, tupakointi, liikalihavuus tai pysyminen liikkumattomana pitkiä aikoja.