Yhdysvaltain kongressi perusti atomienergiakomission, kun se hyväksyi vuoden 1946 atomienergialain. Toisen maailmansodan jälkeen tällä lailla siirrettiin Yhdysvaltain atomienergian hallinta ja valvonta armeijasta Atomic Energy Commissionille, liittohallituksen siviilivirastolle. Yleensä komission tehtävänä oli ennen sen lakkauttamista johtaa ydinaseiden tutkimusta, kehittämistä ja tuotantoa sekä atomienergian rauhanomaista käyttöä.
Komission tehtäviin kuuluivat sotilaalliset tavoitteet tuottaa ydinpolttoaineita sekä ydinaseiden testaus ja valmistus. Se vastasi myös ydinreaktorien kehittämisestä siviili- ja sotilastarkoituksiin. Lopuksi atomienergiakomission oli määrä johtaa tutkimusta ydinmateriaalien käytöstä tekniikassa sekä fysiikan, lääketieteen ja biologian tieteissä.
Hallinnollisesti uuden viraston johtajaksi nimitettiin viiden jäsenen valtuuskunta. Myös kolme suurta neuvoa -antavaa komiteaa perustettiin antamaan panosta ja ohjaamaan. Atomienergiakomission oli neuvoteltava sotilasyhteyskomitean kanssa kaikesta atomienergian sotilaallisesta käytöstä. Ensimmäiset kymmenen toimintavuoden aikana suurin osa komission resursseista käytettiin ydinaseiden kehittämiseen ja tuotantoon sekä muuhun atomienergian sotilaalliseen käyttöön. Kongressin atomienergian sekakomitea huolehti kongressin valvonnasta, ja johtavista atomitutkijoista koostuva yleinen neuvoa -antava komitea antoi tarvittavat tekniset ja tieteelliset ohjeet atomienergiakomissiolle.
Vuonna 1954 Yhdysvaltain kongressi lisäsi komission vastuuta muuttamalla alkuperäistä vuoden 1946 atomienergialakia. Vuonna 1954 tehdyt muutokset antoivat komissiolle mahdollisuuden siirtää ydinteknologiaa koskevia tietoja muihin maihin sekä yksityisille yrityksille. Atomienergiakomission tehtävänä oli valvoa ydinenergian liiketoiminnan laajentamista Yhdysvalloissa. 1960- ja 1970 -luvun alussa Atomic Energy Commission työskenteli yhdessä yksityisen teollisuuden yritysten kanssa kehittääkseen reaktoria, joka voisi tuottaa sähköä. Lisäksi vuonna 1954 atomienergiakomissiolle annettiin ydinvoimateollisuuden turvallisuuden sääntelytehtävä.
Lopulta syntyi ristiriitoja komission vastuiden välillä kehittää ja säännellä kaupallista ydinvoimateollisuutta. Nämä konfliktit johtivat Yhdysvaltain kongressiin lakkauttamaan atomienergiakomission vuonna 1974. Sen vastuut jaettiin sitten äskettäin perustetun ydinsääntelykomission ja energiaministeriön kesken.