Kotitalous- ja muun jäteveden käsittelyssä käytettävät septiset järjestelmät käyttävät tyypillisesti bakteereja auttaakseen jätettä prosessoimaan lopputuotteeksi, jota kutsutaan jätevedeksi. Anaerobisissa järjestelmissä on bakteereja, jotka eivät tarvitse happea jätteiden käsittelyyn. Aerobisessa järjestelmässä tarvitaan kuitenkin happea. Se on tyypillisesti pumpattava järjestelmään, jotta bakteerit kykenevät käsittelemään jätettä. Aerobisilla järjestelmillä on joitain haittoja verrattuna anaerobisiin järjestelmiin, mutta ne ovat sopivampia käytettäväksi tietyissä olosuhteissa.
Aerobisessa järjestelmässä bakteereja käytetään jäteveden esikäsittelyyn turvallista hävittämistä varten. Tällaiset bakteerit käyttävät säiliöön pumpattua happea ja jätettä energianlähteinä eloonjäämiselle ja kasvulle. Tämä johtaa jätteen hajoamiseen ja haitallisten mikro -organismien pitoisuuden pienenemiseen lopullisessa nestemäisessä jätetuotteessa. Aerobista käsittelyjärjestelmää (ATS) on kolme perustyyppiä: keskeytyskasvujärjestelmä, sekvensointieräreaktori ja kiinteäkalvoreaktori.
Bakteerit kelluvat koko pääsäiliössä keskeytetyssä kasvujärjestelmässä. Ilma pumpataan nestemäisen jätteen läpi. Käsitelty kiinteä jäte laskeutuu toissijaiseen säiliöön ja bakteerit kierrätetään takaisin pääsäiliöön. Käsitelty nestemäinen jäte putkistetaan sitten ATS: stä. Jätteen, jäteveden ja bakteerien asianmukaisen tasapainon ylläpitäminen on tärkeää, jotta estetään kasvun keskeytyminen.
Sekvensointieräreaktori on samanlainen kuin keskeytetty kasvujärjestelmä, koska bakteerit kelluvat vapaasti koko säiliössä. Hajoaminen ja laskeutuminen tapahtuu kuitenkin vain yhdessä säiliössä. Ilmaa syötetään tähän yksittäiseen säiliöön vain hajoamisvaiheen aikana. Se sammutetaan laskeutumisvaiheen aikana, jotta kiinteät aineet voivat laskeutua säiliön pohjaan. Jätevesi pumpataan sitten ulos säiliöstä, jolloin sykli päättyy.
Kun bakteerit kelluvat vapaasti näissä kahdentyyppisissä järjestelmissä, kiinteän kalvon reaktorin bakteerit on kiinnitetty tiettyyn pintaan. Hajoaminen tapahtuu yhdessä säiliössä ja laskeutuminen tapahtuu toisessa säiliössä. Ilma syötetään vain hajoamissäiliön alueelle sen pinnan kanssa, johon bakteerit ovat kiinnittyneet. Bakteerien kierrätys takaisin hajoamistankkiin on tarpeetonta, koska bakteerit pysyvät aina kiinni pinnalla, jolla ne kasvavat.
Tämän tyyppinen aerobinen järjestelmä on tyypillisesti kalliimpi kuin perinteinen anaerobinen järjestelmä sekä alkuperäisten kustannusten että ylläpidon kannalta. Tällaiset järjestelmät ovat tyypillisesti rakenteeltaan monimutkaisempia ja sisältävät enemmän liikkuvia osia kuin perinteiset järjestelmät. Ne tarvitsevat sähköä ilmaa kiertävälle järjestelmälle hajoamisvaiheessa, joten niistä aiheutuu myös jatkuvia käyttökustannuksia.
Huolimatta tällaiseen järjestelmään liittyvistä korkeammista kustannuksista, aerobinen järjestelmä voi olla sopivin tai mahdollisesti jopa ainoa vaihtoehto tietyissä olosuhteissa. Korkealaatuisemman jäteveden tuottaminen tekee tällaisesta järjestelmästä sopivan hyvin herkille ympäristöalueille. Tilarajoitukset saattavat myös edellyttää aerobista järjestelmää, jossa suuri tyhjennyskenttä ei olisi mahdollista.
Jotkut paikat eivät salli aerobisen järjestelmän käyttöä viranomaisten määräysten ja määräysten vuoksi. Toiset sallivat aerobisen järjestelmän käytön, mutta edellyttävät, että omistajalla on sopimus ammattilaisen kanssa järjestelmän asianmukaisen ylläpidon varmistamiseksi. Joillakin alueilla saatetaan tarvita hälytyksiä, jotka varoittavat omistajaa järjestelmän toimintahäiriöstä. Aerobisen järjestelmän asennus- ja huoltokoodeja ja -määräyksiä hallinnoivat tyypillisesti valtion tai paikalliset viranomaiset, kuten terveysosasto.