Aivorungon anatomia vastaa elämän perustoiminnoista. Se sisältää keskiaivot, ponsit ja pitkänomaiset aivot. Aivorungon anatomia on osa kehoa, joka yhdistää aivot selkäytimeen ja muuhun hermostoon. Hengitys, verenpaine ja ruoansulatus ovat toimintoja, joita hoitaa aivorungon osana oleva anatomia.
Näköä ja kuuloa ohjaa aivorungon osa, joka tunnetaan keskiaivona ja joka sijaitsee suoraan aivokuoren alla. Perusganglionien substantia nigra sijaitsee tällä aivojen alueella. Tällä alueella tuotetaan dopamiinia, ja alue hallitsee myös liikkumista. Keskiaivojen punainen ydin kommunikoi motoristen neuronien kanssa. Tietoisuutta ja valppautta ohjataan tässä osassa sijaitsevan verkkokalvon kautta.
Keskiaivojen alapuolella aivorungon anatomiassa on pons -alue. Tässä käsitellään kuulon aistitietojen tulkintaa. Ponsilla on myös yhteyksiä pikkuaivoihin ja se vaikuttaa liikkeeseen. Pons -rakenteen ensisijainen tehtävä on yhdistää aivokuori ja pitkänomainen ydin. Välttämättömiä automaattisia toimintoja, kuten nukkumista, hengitystä, haukottelua ja vilkkumista, säädetään tämän osan yhteydessä olevista rakenteista.
Kolmas tärkeä osa aivorungon anatomiaa on medulla oblongata. Se on aivorungon alaosa ja ohjaa oksentelun säätelyä, sydämen ja veren toimintaa sekä ruoansulatusta. Medulla oblongata koostuu kahdesta pääosasta, jotka tunnetaan ylempänä ja huonona. Rakenteen alaosa liittyy suoraan selkäytimen yläosan hermoihin. Veren virtaus kulkee täältä päästäkseen aivoihin ja hapettamaan ne.
Kraniaaliset hermokimput ovat myös osa aivorungon anatomiaa. Eri hermot liittyvät eri osiin, ja suuret niput ohjaavat aivojen ja kehon tiettyjä toimintoja. Jokainen osa hallitsee motorisia taitoja, tulkitsee aistitietoja ja kommunikoi pikkuaivojen kanssa.
Sairaudet ja vauriot voivat aiheuttaa aivorungon anatomiaa aiheuttamalla päänsärkyä, puheongelmia, kasvojen roikkumista ja kuulon heikkenemistä. Kasvaimet diagnosoidaan magneettikuvauslaitteen (MRI) avulla. Alueen sairaudet aiheuttavat lihasten heikkoutta, huimausta ja nielemisvaikeuksia. Useimmat kallon hermot ovat yhteydessä aivorungon kautta, joten tämän alueen ongelmat ovat erittäin vakavia ja voivat aiheuttaa suuria elämänhäiriöitä.