Vaikka Alabamasta tuli osavaltio vuonna 1819, sen valtion lipun historia alkoi vasta vuonna 1861, jolloin päätettiin erota unionista. Tammikuussa 1861, irtautumissopimuksessa, edustajat hyväksyivät Alabaman ensimmäisen osavaltion lipun. Tätä lippua käytettiin vain muutaman viikon ajan; maaliskuuta 1861 Alabama alkoi sen sijaan käyttää ensimmäistä kahdesta liittovaltion lipusta omanaan. Vuonna 1865 sisällissodan päättymisen jälkeen Yhdysvaltain lipusta tuli Alabaman virallinen lippu. Lopulta vuonna 1891 Alabama suunnitteli ja lopulta hyväksyi ainutlaatuisen lipun, joka on lentänyt osavaltion yli siitä lähtien.
Vuoden 1861 Alabaman osavaltion lipun suunnitteli Montgomeryssä pieni ryhmä naisia. Lipun toisella puolella oli esillä vapauden jumalattaren hahmo, jolla oli toisessa kädessä miekka ja toisessa kädessä pienempi lippu, jossa oli vain yksi tähti; kuvion yläpuolelle ilmestyi sanat “Independent Now and Forever”. Toisella puolella oli kääritty helistin ja puuvillakasvi, jonka alla oli teksti “Touch Me Not”. Tätä lippua kutsutaan joskus erottamisyleissopimuksen tai Alabaman tasavallan lipuksi. Noin kuukausi sen jälkeen, kun se hyväksyttiin Alabaman osavaltion lipuksi, kova myrsky vaurioitti sitä, ja lippu poistettiin eikä sitä enää koskaan leikattu.
Pian sen jälkeen, kun Alabaman ensimmäinen osavaltion lippu poistettiin, osavaltio päätti käyttää Konfederaation kansallista lippua. Virallisissa tilaisuuksissa heitettiin konfederaation ensimmäinen tai toinen kansallinen lippu. Kun sisällissota oli ohi vuonna 1865, nämä liput poistettiin, ja Alabama palasi käyttämään Yhdysvaltain lippua.
Alabama käytti Yhdysvaltain lippua vuoteen 1891 asti, jolloin osavaltion lipun uusi malli otettiin käyttöön. Lopulta vuonna 1895 lainsäätäjä hyväksyi uuden lipun, joka on edelleen Alabaman osavaltion lippu. Hyväksytty malli oli kuvioitu Konfederaation taistelulipulle ja siitä tuli Alabaman toinen virallinen valtion lippu.
Kaikista 50 valtion lipusta Alabaman lippu on yksi yksinkertaisimmista. Lain mukaan Alabaman lippu on punaruskea Pyhän Andreaksen risti valkoista kenttää vasten. Lipussa käytetyt värit edustavat rohkeutta ja puhtautta, kun taas risti heijastaa osaa Konfederaation taistelulipun suunnittelusta. Koska lainsäädäntö ei määrää, onko lipun oltava suorakulmainen vai neliömäinen, se nähdään molempiin suuntiin.