Alayksikkörokote on rokote, joka sisältää viruksesta eristettyjä proteiineja, mutta josta puuttuu viruksen nukleiinihappo. Nämä rokotteet altistavat kehon antigeeneille, jotta se voi oppia tunnistamaan ne altistamatta kehoa viruksen replikaation ja myöhemmän infektion riskille. Useita influenssarokotteita on saatavana alayksikkörokotteina, ja lukuisat lääkeyhtiöt pyrkivät soveltamaan tekniikkaa myös muun tyyppisten rokotteiden kehittämiseen. Alayksikkörokotteen käytön ensisijainen etu on, että se on erittäin turvallinen myös ihmisille, joilla on heikentynyt immuunijärjestelmä.
Alayksikkörokotteiden valmistamiseksi lääkeyhtiöt poistavat kaiken paitsi spesifisiin ja ainutlaatuisiin antigeeneihin liittyvät proteiinit. Geenitekniikan avulla organismeja voidaan manipuloida, jotta ne ilmentäisivät näitä proteiineja suuria määriä rokotteen valmistukseen. Alayksikön rokote ei ole virulentti, koska se ei sisällä viruksen geneettistä materiaalia, vain viruksen ulkopuolella olevat proteiinit.
Kun näitä rokotteita annetaan, immuunijärjestelmä oppii tunnistamaan antigeenit ja kehittää spesifisiä vasta -aineita. Tämä varmistaa, että kun virus saapuu kehoon, immuunijärjestelmä tunnistaa sen ja kohdistaa sen tuhoon ennen kuin sillä on mahdollisuus alkaa replikoitua ja aiheuttaa tautia. Koska alayksikön rokotteen materiaali ei kykene monistumaan, haittavaikutusten riski on hyvin pieni ja rokotteet ovat turvallisia ihmisille, joilla on heikko immuunijärjestelmä.
Yksi alayksikkörokotteen valmistustekniikan ongelma on se, että joskus proteiinien eristäminen denaturoi ne ja saa niistä eri muodon. Immuunijärjestelmä kehittää vasta -aineita denaturoiduille proteiineille, mutta ei tunnista virusproteiineja in situ viruksen päällysteessä. Jotkut tutkijat ovat käsitelleet tätä ongelmaa tekemällä yhdistelmä -alayksikkörokotteita, joissa vaarallisen viruksen proteiinit yhdistetään hyvänlaatuiseen virukseen rokotteen muodossa. Tämä estää proteiinien denaturoitumisen ja opettaa immuunijärjestelmää tunnistamaan proteiinit viruksen pinnalla.
Tiettyjen proteiinien eristäminen tarjoaa mahdollisuuden rokottaa useita viruskantoja vastaan, mikä on tärkeä ominaisuus influenssarokotteille. Ihmisen immuunikatoviruksen rokotteita koskevaan tutkimukseen on kuulunut myös alayksikkörokotteiden kehittämistä, jotka voisivat käyttää tiettyjä proteiineja opettaakseen kehoa tunnistamaan ja poistamaan HIV: n altistamatta ihmisiä viruksen replikaation ja HIV -infektion riskille.