Tyypillinen tietokoneen käyttöjärjestelmä koostuu kansioista, jotka sisältävät tietokoneella ylläpidettyjen sovellusten kannalta merkityksellisiä tietoja. Nämä kansiot, joita kutsutaan hakemistoiksi, ovat hakemistoja ohjelmistosovelluksille ja käyttöjärjestelmälle, joilla voidaan hallita tietokoneen tiettyjä tiedostoja. On normaalia havaita, että hakemisto sisältää sen alihakemiston, joka on yksinkertaisesti toinen hakemisto käyttöjärjestelmän hakemistopuussa.
Alahakemisto on vain hakemisto toisessa hakemistossa tai kansio kansiossa. Kaikista hakemistoista voi tulla alihakemisto lukuun ottamatta päähakemistoa, johon yleensä viitataan juurihakemistona tai päähakemistona. Juurihakemisto on ensisijainen hakemisto, joka sijaitsee hakemistopuun yläosassa.
Hakemisto on kansio, joka sisältää tiettyihin tehtäviin liittyviä tietoja. Monet näistä kansioista ovat muokattavissa sekä nimellä että sisällöllä. Kuten kaikki hakemistot, ne voidaan myös siirtää tai kopioida toiseen käyttöjärjestelmän hakemistoon.
Useimmissa käyttöjärjestelmissä luodaan tuhansia tiedostoja tietokoneen normaalien toimintojen hallintaan. Nämä tiedostojärjestelmät ovat melko monimutkaisia ja vaativat merkittävän hakemistopuun rakenteen onnistuneeseen hallintaan. On tyypillistä, että tietty hakemisto voi sisältää alihakemistoja, jotka on suojattu käyttäjän tekemiltä muutoksilta. Tämä suojaus on tarpeen toiminnan vakauden varmistamiseksi tietokoneen käyttöjärjestelmässä.
On tärkeää luoda mielekäs hakemistopuu mitä tahansa käyttöjärjestelmää käytettäessä, koska se varmistaa tärkeiden tietojen oikean tunnistamisen tulevaisuudessa. Hakemistopuun voi verrata hakemistoluetteloon, joka tyypillisesti löytyy useimmista kirjastoista. Tämä hakemisto on ensisijainen tapa etsiä tietoja tietystä aiheesta, ja alihakemisto on tietyn aiheen ympärillä olevien tietojen tarkempi määrittely.
Monet graafiset käyttöliittymät (GUI) ja käyttöjärjestelmät voivat ylläpitää vain rajoitettua määrää alihakemistoja hakemistossa. Vaikka tämä vaihtelee ohjelmistosovelluksen mukaan, on parasta pitää alihakemisto rajoitettuna hallittavalla erotustasolla. Liian monta alihakemistotasoa tulee vaikeaksi ylläpitää ja niitä tulisi välttää.
Mielenkiintoinen ominaisuus useimpien käyttöjärjestelmien hakemistoille on mahdollisuus piilottaa tiedostoja. Piilotetut tiedostot tai piilotetut alihakemistot ovat tapa suojata tietoja tietokoneen käyttäjiltä tai hakkereilta. Piilotettu hakemisto on merkki, joka sijoitetaan hakemistoon tunnistamaan kansio piilotettuna, minkä vuoksi haku ohittaa suojatun kansion tai alihakemiston.