Älykorttivarmenne on osa älykortin sisäistä toimintaa. Nämä varmenteet sisältävät erityisiä tietoja älykortin omistajasta. Yhteiset varmenteet sisältävät pääsytietoja, henkilötietoja tai digitaalisia allekirjoituksia. Älykorttivarmenteen avulla kortin käyttäjät voivat nopeasti siirtää kirjautumisen tai käyttää tietoja älykortinlukijalle ilman, että heidän tarvitsee syöttää tietoja manuaalisesti. Koska älykorttivarmenne mahdollistaa nopean pääsyn yksityisiin tietoihin, se on yhteinen kohde yksityisyyden valvontaryhmille.
Älykortit mahdollistavat nopean tiedonsiirron erikoiskortin ja lukijan välillä. Älykortissa on mikrosiru, joka on upotettu sisälle, usein kultakalvon neliön alle, joka sisältää sen tiedot. Näitä kortteja on kahta peruslajiketta, kosketus- ja kontaktittomia. Yhteystietokortilla kortti työnnetään suoraan lukulaitteeseen. Kontaktiton älykortti tarvitsee vain olla lähellä lukijaa, jotta tiedot voidaan siirtää.
Älykorttivarmenne sisältää vain osan sirun sisältämistä tiedoista. Älykorteissa on tyypillisesti kaksi tai kolme paikkaa, joihin ne tallentavat tietoja. Varmenteet ovat kirjoitettavia alueita, joihin tallennetaan kortinhaltijan tietoja. Siruilla on myös vain luku -alue, joka sisältää tarkat tiedot sirusta, ohjelmointitiedoista ja suojausavaimista. Joillakin älykorteilla on myös luottokortin kaltainen magneettiraita, jolla on yleensä erilaisia tietoja sekä omistajasta että kortista.
Älykorttivarmenne sisältää sen omistajan henkilökohtaisia tietoja sen todellisesta sisällöstä riippumatta. Nämä tiedot voivat olla jotain niin yksinkertaista kuin kirjastokortin numero tai selaimen kirjanmerkkiluettelo tai jotain yhtä tärkeää kuin verkkokalvon skannaus tai sormenjäljet. Kun älykortti kohtaa paikan, jossa näitä kohteita tarvitaan, se tarkistaa sen sisäisen suojausavaimen korttia lukivan päätelaitteen kanssa. Jos tarkistus läpäisee, tiedot siirretään.
Henkilökohtaiset yksityisyysryhmät vastustavat usein älykortteja varmenteisiinsa tallennettavien tietojen vuoksi. Suuri osa väitteistä keskittyy henkilötietojen levittämiseen paikoissa, jotka eivät sitä vaadi. Esimerkiksi kirjasto ei tarvitse suojelijan sormenjälkiä kirjastokirjan tarkistamiseen, mutta jos nämä tiedot ovat saatavilla, he voivat käyttää sitä.
Toinen osa väitettä koskee kortin turvallisuutta. Vaikka on olemassa takeita, jotka estävät älykortin lukemisen määritetyn alueen ulkopuolella, on mahdollista kiertää ne. Käyttämällä näitä tietoja laittomin keinoin käyttäjätietoja voidaan varastaa tai muuttaa lisäoikeuksien saamiseksi. Lopuksi koko kortti voidaan varastaa ja tärkeät käyttäjätiedot vaarantua ennen kuin kortti poistetaan käytöstä.