Amygdala, joka on nimetty siksi, että se muistuttaa mantelia, on joukko aivojen ytimiä, jotka sijaitsevat lähellä toisiaan ja siksi ryhmitelty samaan nimeen. Näkyvimpiä ovat basolateraalinen kompleksi, sentromediaalinen ydin ja aivokuori. Amygdala on osa limbistä järjestelmää, joka vastaa tunteiden säätelystä. Se liittyy yleisimmin pelon ja ahdistuksen tunteisiin, ja sen koko korreloi positiivisesti tietyn lajin aggressiivisuuden kanssa. Se liittyy myös nautinnon tunteeseen, vaikkakin pääasiassa negatiivisessa mielessä, toisin sanoen nautintoon, joka on joskus luontaista aggressiolle.
On olemassa kaksi amygdalaa, jotka sijaitsevat symmetrisesti lähellä aivojen keskustaa, aivan hypotalamuksen yläpuolella. Niiden pituus on noin 1 cm. Tämä rakenne on saanut paljon huomiota viime vuosikymmeninä, ja se on ollut monien tutkimushankkeiden painopiste.
Amygdala on avainasemassa niin kutsutussa “yleiskäyttöisessä puolustusvasteverkossa” ja reagoi epämiellyttäviin näkyihin, tuntemuksiin tai hajuihin. Viha, välttely ja puolustuskyky ovat tunteita, jotka suurelta osin aktivoivat tämä aivojen osa. Sen evoluution alkuperä on varhaisissa kaloissa, ja sillä on suorat yhteydet yhteen vanhimmista aistialueista, hajulampusta. Amygdala on vastuussa esivanhempien hätämerkkien, kuten “jännittynyt suu”, aktivoimisesta ja puolustavista asennoista, kuten kyyristymisestä.
Kuten monet limbisen järjestelmän osat, amygdalan toiminta ei liity pelkästään mihinkään tunteeseen. Huono amygdalinen toiminta on yhdistetty ahdistuneisuuteen, autismiin, masennukseen, narkolepsiaan, traumaattiseen stressihäiriöön, fobioihin ja skitsofreniaan. Apinoilla tehdyt vauriotutkimukset ovat osoittaneet, että kun tämä rakenne on heikentynyt ennen kuuden kuukauden ikää, yksilöillä on vaikeuksia sopeutua sosiaaliseen elämään. Tämä johtuu siitä, että amygdala on välttämätön pelkästään tunteiden, kuten pelon, kokemiseksi, mutta myös mallintamiseen ja näiden tunteiden läsnäolon nopeaan tunnistamiseen muissa. Siten vaurioitunut on liittynyt autismin tai sosiaalisen sokeuden tilaan.
Ihmisillä amygdala on aivojen rakenne, joka vaihtelee laajimmin sukupuolten välillä. Kun urokset kastroidaan, sen koko kutistuu 30%. Masennukseen on liittynyt epäsymmetrisiä amygdalan kokoja.