Antigeeni-vasta-aine-sitoutuminen tapahtuu, kun vasta-aine vetää puoleensa ja kiinnittyy antigeeniin. Kiinnittyessään vasta -aine luo kemiallisen reaktion, joka johtaa lopulta antigeenin tuhoutumiseen. Vain spesifiset vasta -aineet voivat sitoutua erityyppisiin antigeeneihin, vaikka samat vasta -aineet voivat hyökätä rakenteeltaan samanlaisiin antigeeneihin. Antigeenin ja vasta -aineen välinen sidos on palautuva, joten vasta -aineen on yritettävä muodostaa useita yhteyksiä antigeeniin pysyäkseen yhteydessä, kunnes se poistaa antigeenin.
On monia erilaisia antigeenejä, vaikka useimmat ovat proteiiniantigeenejä, jotka voivat houkutella vasta -aineita. Monet antigeenit, kuten virukset ja bakteerit, ovat haitallisia, kun taas toiset, kuten siitepölyt tai muut allergeenit, ovat itsessään vaarattomia. Antigeeni-vasta-aineiden sitoutumiseen osallistuvat vasta-aineet tunnetaan immunoglobuliineina. Nämä ovat molekyylejä, jotka organismin immuunijärjestelmä valmistaa tuhoamaan vieraita kappaleita.
Immunoglobuliineilla voi olla korkea tai matala affiniteetti tiettyihin antigeeneihin. Kun affiniteettitaso on korkea, antigeeni-vasta-aine-sitoutuminen on voimakasta. Tämä vahva yhteys immunoglobuliinin ja antigeenin välillä sallii immunoglobuliinin käynnistää kemiallisten reaktioiden kaskadin, joka lopulta hajottaa ja tuhoaa antigeenin.
Vaikka vasta-aineen affiniteetti antigeeniin on erittäin korkea, antigeeni-vasta-aine-sitoutuminen ei ole pysyvää. On mahdollista, että antigeeni katkaisee yhteyden vasta -aineeseen puolustaakseen hyökkäystään. Tämän torjumiseksi vasta -aineen on yritettävä sitoutua antigeeniin useiden eri yhteyksien kautta.
Antigeeni-vasta-aine-sitoutuminen perustuu yleensä heikkojen sähkövarausten käyttöön antigeenin ja vasta-aineen vetämiseen yhteen. Elektroniaffiniteetti sidoksen toisella puolella ja lievä negatiivinen varaus toisella puolella on yleisin syy näiden kahden tyyppisten molekyylien sitoutumiseen. Sidostyypit, jotka pitävät molekyylit yhdessä, voivat olla hydrofobisia, sähköstaattisia tai vetysidoksia tai Van der Waals -voimia.
Kaikki antigeeni-vasta-aine-sitoutuminen on ei-kovalenttista, mikä tarkoittaa, että ne eivät jaa elektroneja. Ne pysyvät erillisinä molekyyleinä, vaikka ne ovat sidoksissa yhteen. Tämä tarkoittaa, että kun ne hajoavat, jokainen on ehjä.