Antigeeninen siirtyminen on yksi menetelmistä, joita tietyt virukset käyttävät kehittyäkseen ja välttääkseen kehon immuunijärjestelmän huomion. Antigeeninen muutos tapahtuu, kun uusi isäntälaji altistuu viruskannalle, jota se ei ole ennen nähnyt, lajeista toiseen siirtymisen ja geneettisen materiaalin uudelleenvalinnan kautta. Uuden isännän immuunijärjestelmä ei tunnista virusta tehokkaasti, koska viruksessa olevat antigeenit ovat erilaisia kuin aiemmat viruskannat, joille isäntä altistui. Prosessia tutkitaan eniten influenssaan, ja se on tärkeä tekijä uusien epidemian influenssa -alatyyppien kehityksessä.
Antigeeninen muutos voidaan kuvata jollakin kolmesta tavasta. Kaksi samaa solua tartuttavaa virusta voi tuottaa geenisegmenttejä, jotka sekoittuvat muodostaen uuden viruskannan. Tietyssä lajissa kiertävä virus voi hypätä suoraan uuteen eläinisäntään. Vaihtoehtoisesti esimerkiksi lintuvirus voi hypätä sian isännälle ja sitten ihmisen isännälle.
Influenssaviruksella on kolme tyyppiä, A, B ja C. Näistä tyypeistä vain influenssa A aiheuttaa vakavia sairauksia maailmanlaajuisten infektioiden kautta. Influenssa A sisältää kaksi pääantigeenia, neuraminidaasi (N) ja hemagglutiniini (H), viruskapselin ulkopuolella. Nämä ovat antigeenejä, joita immuunijärjestelmä tunnistaa ja käyttää viruksen tuhoamiseen. Antigeenisen siirtymän virustaide tarkoittaa, että virus voi vaihtaa näiden antigeenien ympärille replikaation aikana muodostaakseen uuden viruksen, jota immuunijärjestelmä ei alun perin tunnista.
Esimerkiksi vuoden 2009 H1N1 -influenssapandemian aiheutti virustyyppi, jossa oli H1- ja N1 -antigeenejä. On todennäköistä, että tämä influenssavirus on peräisin kahden eri sikainfluenssaviruksen geneettisestä uudelleenvalinnasta sian solussa. Yhdysvaltain tautien torjunta- ja ehkäisykeskukset sanoivat, että uudella influenssalla oli myös lintu- ja ihmisen influenssakantojen geenejä, mutta että nämä geenit olivat todennäköisesti kiertäneet sioissa vuosikymmeniä ennen pandemiaa aiemman antigeenimuutoksen seurauksena. Sian antigeenisen muutoksen jälkeen geneettisen uudelleenvalinnan myötä virus hyppäsi tarttumaan ihmisiin.
Antigeenisen siirtymän prosessia ei pidä sekoittaa toiseen menetelmään, jota virukset käyttävät antigeenien muuttamiseen, nimeltään antigeeninen ajautuminen. Antigeeninen ajelehtiminen on flunssageenien asteittainen mutaatio, joka muuttaa hiukan geenien tuotetta. Antigeeninen ajautuminen aiheuttaa pieniä eroja viruspartikkeleissa, mikä voi myös huijata immuunijärjestelmää olemaan tunnistamatta virusta tehokkaasti.