Antiviraalinen resistenssi syntyy, kun sitä vastaan käytetty lääke ei voi enää tuhota virusta. Tämä vastustuskyky on viruksen luonnollinen selviytymismekanismi, spontaanin mutaation aiheuttama pakotettu evoluutio, joka sitten siirretään myöhemmille sukupolville. Antiviraalinen resistenssi on jatkuva ongelma lääketieteessä, ja lääkäreiden on oltava sekä varovaisia että luovia pysyäkseen kehittyvien kantojen mukana.
Vastustuskyky viruslääkkeille ilmenee alun perin spontaanin mutaation kautta, mikä mahdollistaa useiden virusten selviytymisen lääkkeiden vaikutuksista. Tämä mutaatio siirtyy sitten seuraaville sukupolville. On olemassa useita tapoja, joilla mutaatio tekee viruksesta immuunin. Mutaatio voi johtaa siihen, että virus luo sellaisen inhibiittorin muodon, joka joko muuttaa tai inaktivoi itse lääkettä. Virus voi muuttaa sen paikan kokoonpanoa, jossa lääke tavallisesti sitoutuu siihen tuhoutumista varten, jolloin lääke ei kykene sitoutumaan ja hyökkäämään siihen.
Viruksen aineenvaihduntareittiä voidaan muuttaa, jolloin se voi löytää vaihtoehtoisia tapoja tartuttaa isäntä siten, että erityisesti suunniteltu lääke tulee tehottomaksi. Lopuksi viruksen läpäisevyys voi laskea, mikä vähentää lääkkeen kykyä kerääntyä riittävän suuria määriä sen voittamiseksi. Koska nämä ominaisuudet siirtyvät viruksen sukupolvien kautta, tuloksena on lääkeresistentti kanta. Viruskannat voivat tulla vastustuskykyisiksi yksittäisille tai useille lääkkeille, mikä johtaa superbakteereihin.
Antiviraalinen resistenssi on merkittävä ongelma, koska sen vuoksi lääkäreiden on paljon vaikeampaa taistella tehokkaasti viruksia vastaan. Virukset, jotka olivat aiemmin hoidettavissa, muuttuivat yhtäkkiä hoitamattomiksi, ja lääketieteellisellä yhteisöllä on ylämäkeen taistelu yrittää pysyä perässä. HIV: n, tuberkuloosin ja influenssan kaltaisissa olosuhteissa uusia yksittäisiä ja yhdistelmälääkkeitä on jatkuvasti tutkittava ja luotava taudin hallitsemiseksi. Jopa virukset, kuten helposti hoidettava stafylokokki, ovat kehittäneet resistenttejä kantoja. Sillä on merkittäviä vaikutuksia sekä immuunipuutteisiin potilaisiin että mahdollisiin pandemioihin, joilla on viruslääke.
Resistentit viruskannat johtuvat suurelta osin antibioottien ja mikrobilääkkeiden liiallisesta määräyksestä sairauksiin, joita potilas voi taistella luonnollisesti. Näitä lääkkeitä käytetään myös usein vastuuttomasti, ja potilaat lopettavat lääkkeet ennen kuin he ovat ottaneet koko määrätyn kurssin. Tämä johtaa myöhemmin siihen, että jotkut virukset selviävät ja tulevat vastustuskykyisiksi. Kotitalouksien puhdistusaineiden liiallista käyttöä syytetään myös tavallisista viruksista, jotka altistuvat jatkuvasti tuotteille, mutta eivät aina kuole, jolloin kannat voivat muodostaa vastustuskyvyn.
Antiviraalista resistenssiä vastaan taistelevat lääkäreiden harkittu ja säästävä lääkemääräys ja vahva suositus, että potilaat ottavat täyden kurssin kaikista heille määrätyistä lääkkeistä. Useita lääkkeitä käytetään myös samanaikaisesti HIV: n kaltaisten infektioiden hoidossa toivoen, ettei virus tule vastustuskykyiseksi kaikille, vaikka näin tapahtuu. Lopuksi käytetään faagiterapiaa, jossa potilaaseen vapautuu bakteriofageja kuluttamaan ja tuhoamaan viruksen.