Apteekin tehtävänä terveydenhuollossa on valvoa lääkkeiden saatavuutta, annostella lääkkeitä ja varmistaa, että lääkkeiden turvatoimet potilaille täyttyvät. Perinteisesti apteekki löysi, laski ja pakkasi lääkkeet ilman apua automaattisista järjestelmistä. Teknologinen kehitys ja järjestelmät ovat myös saatavilla apteekille, joka voi ottaa joitakin rooleja apteekista. Apteekin automaatio voi mahdollisesti vähentää inhimillisiä erehdyksiä ja hallita varastoa, mutta robottijärjestelmien asennus ja ylläpito voi olla kallista.
Jokaisessa apteekissa lääkkeet ovat yleensä tiukassa valvonnassa. Apteekin henkilökunta pitää lääkkeet järjestyksessä ja varastossa, mikä rooli voi olla myös apteekin automaatiojärjestelmä. Kone voi laskea varaston ja myös yksityiskohtia, kuten lääkkeen viimeisen käyttöpäivän. Apteekkiautomaatiolla varastot voidaan myös pitää turvallisesti lukittuina, jotta vain hyväksytty henkilökunta pääsee niihin käsiksi, ja poistoja voidaan myös valvoa. Joskus apteekki joutuu laskemaan pillereitä, mutta tämä aikaa vievä työ voidaan korvata automaattisella pillerilaskurilla, joka löysi ensimmäisen kerran paikan apteekeissa 1970 -luvulla monimutkaisemman apteekkiautomaation edelläkävijänä.
Lääkitysvirheet ovat merkittävä riski apteekeille, koska apteekki voi joutua inhimillisen erehdyksen uhriksi. Apteekin automaatiojärjestelmillä vääriä reseptejä voidaan kuitenkin vähentää. Sen sijaan, että henkilö sekoittaisi yhden lääkkeen toiseen saman nimisellä lääkkeellä, kone voi sen sijaan lukea tuotteen viivakoodin ja näyttää tiedot näytöllä. Jos lääkärin määräyksessä on myös viivakoodi, kone voi vertailla näitä kahta tarkkuutta varten.
Käsikirjoitetut reseptit voivat myös olla lukukelvottomia, mikä aiheuttaa toisen vaaran potilaalle, jos apteekki antaa väärän lääkkeen. Apteekin automaatiojärjestelmän käyttö, joka kattaa sekä lääkärin leikkauksen että apteekin, voi estää tämän ongelman. Apteekin automaatiojärjestelmän mahdollisiin ominaisuuksiin kuuluu mahdollisuus, että apteekki saa tarvittaessa enemmän tietoa kuin tuoteselosteessa kerrotaan.
Jos sairaalassa tai klinikalla on apteekin automaatiojärjestelmä, se voi vähentää virheitä ja estää potilaita saamasta vaarallisia lääkkeitä. Potilaalla voi olla automaattinen kaavio sairaudestaan ja sairauteen sopivista lääkkeistä sekä luettelo lääkkeistä, jotka eivät ole. Sairaanhoitaja voi sitten skannata henkilön kaavion saadakseen sopivan lääkkeen ja varmistaa, että sopimattomia lääkkeitä ei määrätä vahingossa.
Automaattisen järjestelmän haitat sisältävät koneiden kulut, vaikka kustannukset voidaan korvata vähentämällä huumeiden hallintaan ja luovuttamiseen tarvittavaa henkilöstöä. Lisäksi automaattiset järjestelmät voivat rikkoutua tai ihmiset voivat kiertää ne ja vähentää niiden tehokkuutta rikkomalla käyttösääntöjä. Esimerkkejä ovat toisen henkilön tunnistamisen käyttö tai potilasmääräysten sekoittaminen.