Kun pankkiautomaatti (ATM) tekee yhteistyötä pankkiverkoston kanssa hyväksyäkseen maksutapahtuman, tätä kutsutaan pankkiautomaatin käsittelyksi. Se on monivaiheinen toiminto, joka kestää vain muutaman sekunnin. Käyttämällä puhelinlinjoja ja pankkitilitietoja kone tietää, onko kortinhaltijalla varoja rahan poistamiseen tililtä. Käsittely ei tarkoita vain rahan poistamista, koska sitä käytetään myös pankkitilin tarkistamiseen ja varojen tallentamiseen.
Pankkiautomaatin käsittely kotiutuksen aikana alkaa henkilökohtaisesta pankkiautomaatista, kun kortinhaltija lisää pankkikortin ja syöttää sen salaisen koodin. Koodi antaa koneelle luvan aloittaa tämän kortin käsittely. Kone on jo kytketty toimivaan puhelinlinjaan ja soittaa tietylle maksuttomalle numerolle, joka antaa sille pääsyn pankkiautomaattiin. Kone antaa sitten päätelaitteen tunnistenumeronsa, joten verkko tietää koneen sijainnin.
Seuraavaksi pankkiin otetaan yhteyttä pankkiautomaatin käsittelyn aikana. Kaikilla pankeilla on erityinen linja, aivan kuten internet, joka kulkee puhelinjärjestelmän läpi ja sallii pankkiautomaattien käyttää tiettyjä tilitietoja. Kortilla ja sitä vastaavalla salaisella koodilla pankki tarkistaa kyseisen tilin varojen tarkastamiseksi.
Pankki tarkistaa kortinhaltijan tilin varmistaakseen, että sillä on riittävästi rahaa kattaakseen vaaditun nostamisen pankkiautomaatista, mukaan lukien pankkiautomaksut. Jos tili tyhjenee, pankki lähettää viestin takaisin pankkiautomaatille pankkiautomaatin käsittelyn tämän vaiheen aikana. Tämä viesti valtuuttaa koneen jakamaan rahat kortinhaltijalle. Yllättäen tämä prosessi kestää yleensä alle minuutin, yleensä vain muutaman sekunnin. Monta vuotta sitten, kun verkkoteknologia oli vielä raaka, käsittely kesti paljon enemmän aikaa, mutta nyt se on lähes hetkellinen.
Pankkiautomaatin käsittely liittyy useimmiten kotiutuksiin, mutta pankkiautomaatti voi suorittaa myös muita tehtäviä. Kortinhaltijan pankkiin liittyvät koneet hyväksyvät yleensä talletuksia. Nämä toimivat päinvastoin kuin kotiutukset ottamalla sekit ja ilmoittamalla pankille, että ne lisäävät määritetyn summan kortinhaltijan tilille. Toinen tekniikka, joka vaatii käsittelyä, on tilin saldon tarkistaminen. Tämä voidaan yleensä suorittaa missä tahansa pankkiautomaatissa ja noudattaa samoja käsittelyohjeita, mutta se antaa tilille saldon kuitista sen sijaan, että hän antaisi käteistä.