Autofobian oireiden hoitoon on useita menetelmiä. Yleisimpiä ovat lääkitys, erilaiset hoidot ja rentoutumistekniikat. Monet lääkärit yhdistävät menetelmiä kattamaan kaikki fobian aiheuttamat alueet. Hoidon ensisijaiset tavoitteet ovat lievittää ahdistusta ja kouluttaa mieli hylkäämään yksin olemisen negatiiviset tunteet.
Ahdistuslääkkeitä määrätään usein autofobiaa sairastaville potilaille. Vaikka näiden lääkkeiden ei odoteta parantavan sairautta, niiden avulla potilas pystyy usein hallitsemaan pelkoa, kun hän saa hoidon, joka käsittelee ongelman ydintä. Lääkitys voi myös vähentää fyysisten hyökkäysten voimakkuutta, jotka voivat joskus olla niin voimakkaita, että ne johtavat sydänkohtaukseen tai kuolemaan.
Rentoutustekniikoita voidaan käyttää myös autofobiaan liittyvän ahdistuksen vähentämiseen. Nämä tekniikat keskittyvät tyypillisesti syvän, keskittyneen hengityksen harjoittamiseen. Potilaita voidaan ohjata myös visualisointiharjoitusten kautta. Oireiden hoidon lisäksi potilas voi käyttää näitä harjoituksia selviytymismekanismina hyökkäyksen keskellä.
Jotkut perusteellisimmista menetelmistä, joita käytetään autofobian hoitoon, löytyvät erilaisista hoidoista. Käyttäytymistä, kognitiivista käyttäytymistä ja altistushoitoa voidaan käyttää ongelman ratkaisemiseen. Terapeutit voivat myös suositella itsehypnoosia negatiivisen ajattelumallin rikkomiseksi. Usein autofobia johtuu aiemmasta traumasta. Hoidon yleisenä tavoitteena on korjata ongelman ydin auttamalla potilasta selviytymään tapahtumasta.
Käyttäytymis- ja kognitiiviset käyttäytymisterapiat auttavat ohjaamaan potilasta pois toiminnasta, joka pahentaa autofobian oireita. Valotushoito on tapa helpottaa potilaan viettää aikaa yksin eikä tarvitse luottaa siihen, että lähellä on luotettu henkilö. Nämä tekniikat otetaan tyypillisesti käyttöön asteittain vähentääkseen potilaan mahdollisuuksia saada väkivaltainen fyysinen reaktio.
Yleisin autofobian muoto on valtava ja jatkuva pelko olla yksin tai yksinäinen. Oireita voi esiintyä, kun potilaat ovat yksin tai koska he tuntevat olevansa yksin muiden seurassa. Ihmiset, joilla on tämä ehto, voivat olla huolissaan tunkeilijoista, heistä, jotka jätetään huomiotta tai joilla ei ole ketään, joka rakastaa heitä. Usein yksilö tietää, että nämä pelot ovat irrationaalisia, mutta tuntee silti ahdistusta. On myös harvinainen autofobian muoto, jossa kärsijä kokee voimakasta pelkoa tai vihaa itseään kohtaan.