Bakteerien aineenvaihdunta on prosessi, jota bakteerit käyttävät pysyäkseen hengissä. Bakteerien aineenvaihduntaprosessit ovat varsin monimuotoisia ja erittäin kiehtovia, ainakin ihmisille, jotka ovat kiinnostuneita tällaisesta asiasta. Bakteerit ovat kehittäneet hämmästyttävän monia tapoja päästä käsiksi luonnossa saatavilla olevaan energiaan, jotta ne voivat käyttää sitä pysyäkseen hengissä ja suorittaakseen erilaisia toimintoja. Bakteerien aineenvaihduntaa hyödyntävät myös muut organismit; Esimerkiksi ihmiset luottavat suolistossa oleviin bakteereihin hajottaessaan ruoan osiin, joihin heidän kehonsa pääsee.
Yksi bakteerien aineenvaihdunnan osa sisältää energian keräämisen. Yksi bakteerien käytettävissä olevista prosesseista on ihmisille tuttu: hengitys. Toisin kuin ihmiset, bakteerit voivat kuitenkin käyttää muita kaasuja kuin happea hengitysprosesseissaan, ja jotkut bakteerit kykenevät jopa selviytymään anaerobisissa ympäristöissä sekä ilmaa sisältävissä ympäristöissä. Tämä on melko merkittävä sopeutuminen, jonka avulla bakteerit voivat selviytyä ankarissa olosuhteissa olosuhteiden muuttuessa.
Monet bakteerit ovat heterotrofeja, jotka käyttävät orgaanisia materiaaleja energiaksi aivan kuten ihmisetkin. Organismit voivat päästä materiaalien sisällä oleviin molekyyleihin monin eri tavoin. Yksi tekniikka, jota he käyttävät, on käyminen, jossa materiaalit hajotetaan käyttökelpoisiksi komponenteiksi. Jotkut bakteerit voivat myös fotosynteesiä käyttää aurinkoa energiana niin kauan kuin niillä on ravintoaineita, ja toiset pystyvät selviytymään epäorgaanisista materiaaleista. Litotrofeina tai autotrofeina tunnetut bakteerit voivat selviytyä erittäin ankarissa ympäristöissä.
Energian käyttö bakteerin sisällä voi myös vaihdella lajista riippuen. Bakteerit käyttävät energiaa liikkumiseen, jos ne ovat liikkuvia, ja moniin muihin tehtäviin. Jotkut bakteerit ovat kehittäneet mielenkiintoisia tapoja käyttää käytettävissä olevaa energiaa sisäisten toimintojen ylläpitämiseen.
Bakteerien aineenvaihdunta sallii bakteerien pysyä hengissä, jotta ne voivat lisääntyä, ja varmistaa, että laji selviytyy vähintään yhden sukupolven ajan. Bakteerien aineenvaihduntaprosessien monimuotoisuus kuvaa monenlaisia ympäristöjä, joissa ne voivat selviytyä. Bakteerit kykenevät käyttämään melkein mitä tahansa energiaksi, kunhan ne ovat oikeita lajeja oikeassa ympäristössä. Jotkut, joita kutsutaan ekstremofiileiksi, pitävät ympäristöstä, joka on niin ankara, että ihmiset alun perin luulivat, ettei yksikään elävä organismi voisi selviytyä niissä, kuten kuumia lähteitä ja ydinvoimalaitosten toimintaa.
Sen lisäksi, että bakteerien aineenvaihdunta on luonnostaan kiinnostavaa, sillä on useita sovelluksia. Jotkut fermentoidut elintarvikkeet on valmistettu bakteereista, joten on tärkeää tietää, mitkä bakteerit ovat mukana ja miten ne toimivat. Bakteerien aineenvaihdunta on myös tärkeä eläinten aineenvaihdunnalle, sillä bakteerit osallistuvat suuremman organismin aineenvaihduntaprosesseihin hajottamalla nautittu ruoka osiin, joita keho voi metaboloida.