Bakteerien havaitseminen on tekniikka, jota käytetään tunnistamaan alueella tai esineessä esiintyvät bakteerityypit. Historiallisesti bakteerien havaitseminen saattoi tapahtua vain ottamalla näyte, viljelemällä näytettä ja tutkimalla sitä sitten mikroskoopilla bakteerien tunnistamiseksi. Tämä oli aikaa vievä prosessi, ja joskus tiettyjen bakteerien läsnäolo jäi väliin, koska näitä bakteereja ei otettu näytteestä. Nykyaikaiset bakteerien havaitsemistekniikat toimivat monin tavoin, ja monet niistä ovat erittäin nopeita.
Bakteerien havaitsemiseen on useita syitä. Lääketieteelliseltä kannalta on tärkeää tietää, mitkä bakteerit aiheuttavat sairauksia, jotta asianmukaista hoitoa voidaan käyttää, ja on myös kriittistä voida tunnistaa bakteerikontaminaatio lääketieteellisissä laitoksissa. Lainvalvontaviranomaiset käyttävät bakteerien havaitsemista etsimään merkkejä bioterrorismista ja määrittämään, onko alueelle turvallista päästä, mutta maatalouden ja elintarvikkeiden tarkastajien on tiedettävä, onko elintarvikkeissa haitallisia bakteereja. Tiedemiehet ovat myös kiinnostuneita bakteerien tunnistamisesta, koska se on suuri osa heidän työstään; tutkijoiden on tiedettävä, minkä bakteerien kanssa he työskentelevät, ja heidän on voitava vahvistaa, etteivät näytteet ole saastuneet.
Bakteerien havaitsemisjärjestelmä voi tunnistaa tiettyjen bakteerien lähettämiä allekirjoituskemikaaleja tai se voi etsiä tiettyjä bakteereja. Nämä järjestelmät voivat käyttää ilmaa haistelevia antureita ottamalla näytteitä, joihin voidaan nopeasti viitata kiinnostavien bakteerien tiedoilla, tai ne voivat päästää kemikaaleja, jotka ovat vuorovaikutuksessa tiettyjen bakteerien kanssa. Esimerkiksi raakabakteerien havaitsemistekniikka sisältää ruiskuttamisen kemikaalia, joka saa bakteerit fluoresoimaan, ja sitten ultraviolettivalon avulla, onko fluoresenssi syntynyt vai ei.
Ilma -anturit vetävät näytteitä ilmasta ja antavat tietoa alueen bakteereista. On myös mahdollista ottaa pyyhkeitä kiinnostavasta kohteesta tai paikasta, jolloin pyyhkeet ajetaan bakteeri -ilmaisimen läpi. Nopeat testit esimerkiksi streptokokkiin lääkärin vastaanotolla ovat esimerkki tämän tyyppisestä bakteerien havaitsemisesta. Esimerkiksi elintarvikkeiden testauksessa voidaan käyttää asetettavia koettimia bakteerien läsnäolon tarkistamiseen.
Kehittyneet järjestelmät voivat tunnistaa useita lajeja ja niiden pitoisuuksia ja tarjota nopean yleiskuvan alueen bakteereista. Voi silti olla tarpeen ottaa viljelmä tunnistamaan bakteerit, joita anturi ei ole kerännyt, tai oppia lisää tietystä bakteeripesäkkeestä, mutta nopea bakteeritunnistin voi olla hyödyllinen työkalu nopeasti todetakseen, että haitallisia bakteereja on tai ei ole läsnä .