Barokki -urut ovat putki -urkuja, jotka on rakennettu tietyllä tavalla ja tiettyjen vaatimusten mukaisesti barokin aikana. Tämä ajanjakso kesti noin vuodesta 1685 vuoteen 1750. Tänä aikana taiteessa, musiikissa ja arkkitehtuurissa tapahtui monia innovaatioita, ja urkujen muotoilu muuttui dramaattisesti, mikä lisäsi niiden kokoa, tehoa ja musiikkialuetta. Tunnetut barokin säveltäjät, kuten Johann Sebastian Bach Saksassa, tekivät yhteistyötä urkujen rakentajien kanssa tuottaakseen mitä tahansa kaikkien aikojen hienoimpia urkuja.
Barokkityylinen musiikki oli erittäin koristeellista ja täyteläistä. Useimmiten uskonnolliseen musiikkiin liittyvät barokki -urut olivat paljon voimakkaampia kuin edeltäjänsä renessanssista. Sitä käytettiin usein sooloinstrumenttina tai osana ”concerto grossoa”, kahta tai useampaa soolosoitinta orkesterin säestyksellä. Bachin St. Matthews Passion, joka käytti sävellyksessä kahta urkua, on kirjoitettu vuonna 1727 ja sitä pidetään yhtenä länsimaisen kirkon musiikin mestariteoksista.
Kuten barokin aikana kehitettiin, uruista tuli “pleno” tai täysi urut. Esimerkiksi täysikokoisissa italialaisissa uruissa voi olla jopa 600 putkea ja yli 2000 osaa. Joillakin suurimmista kauden aikana luoduista uruista on tuhansia putkia ja jopa seitsemän käsikirjaa tai näppäimistöä, jotka on yhdistetty urkujen putkiin. Ulkoasussa urut muistuttavat yleensä barokkikatedraaleja, joissa niitä usein käytettiin. Kauden putkiurut oli tarkoitettu taideteokseksi ja soittimeksi.
Kokonsa kasvaessa barokkiurkuihin tehtiin monia teknisiä innovaatioita. Tällainen yhteistyö Bachin ja urkujen rakentajan Gottfried Silbermannin välillä auttoi saamaan aikaan joitakin muutoksia. Silbermann rakensi urkuja käytettäväksi kaikkialla Euroopassa.
Merkittävä muutos oli urkukappaleiden määrän ja rakenteen sekä käsikirjojen ja putkien järjestelyn kasvu. Urut ”pysähtyvät” päästävät paineilmaa putkiin, ja urut voivat kytkeä ne päälle tai pois päältä. Pysäkkejä alettiin suunnitella siten, että ne voisivat jäljitellä muiden instrumenttien ääniä. Niitä lisättiin myös, mikä mahdollisti valtavan valikoiman ääniä.
Jalkojen erilliset näppäimistöt, jotka koostuvat polkimista, laajennettiin, jotta ääniä voitaisiin säätää paremmin. Putket järjestettiin telineiksi. Jokainen teline vastasi erilaista nousua, puuta ja tilavuutta.
Monet barokin urkujen suunnittelun innovaatioista ovat edelleen käytössä. Kaudelta säilyneitä urkuja pidetään taideteoksina ja monet ovat esillä museoissa. Jotkut mallit on luotu uudelleen nykyaikaiseen käyttöön.