Perusganglionit ovat symmetrinen joukko rakenteita aivojen keskusalueella, jotka ohjaavat liikettä. Ne koostuvat ytimien yhdistelmästä syvällä aivokuoren sisällä. Kaikki aivojen ulomman osan aistinvaraiset ja motoriset alueet lähettävät signaaleja, jotka reititetään caudaten läpi, samoin kuin putamenit osassa basaalisen ganglion anatomiaa, jota kutsutaan striatumiksi. Kaudaatti käsittelee signaaleja, jotka liittyvät käyttäytymiseen ja motivaatioon, ja putamen prosessoi aisti- ja motorisia toimintamalleja. Perusganglionityyppisiä rakenteita löytyy nisäkkäiden, lintujen, matelijoiden, kalojen ja sammakkoeläinten aivoista.
Suuri osa aistitulosta kulkee striatumin läpi, joka toimii ensisijaisena syöttöalueena muista aivojen osista. Suurin osa hermoprojektioista tulee moottorin ja prefrontaalisista aivokuoreista. Mediaalinen caudate ja toinen osa basaaliganglioiden anatomiasta, jota kutsutaan ytimen accumbensiksi, kerää signaaleja etupuolen kuorista ja aivojen limbisistä alueista, joten ajatuksen ja liikkeen välistä yhteyttä hallitaan täällä. Yhteyksiä on myös caudaten, putamenin ja substantia nigrin välillä, ja näiden alueiden lähtö johtaa globus pallidusiin.
Globus pallidus koostuu kahdesta osasta. Talamus ohjaa moottorin toimintoja, mutta tätä toimintoa estäviä signaaleja ohjaa ja lähettää talamukselle globus pallidus externa. Globus palliduksen toinen osa, nimeltään globus palidus interna, auttaa asennon hallitsemisessa kommunikoimalla keskiaivojen kanssa. Signaalit haetaan globus pallidusista caudatesta ja putamenista, ja molemmat alueet ohjaavat tietoa subtalamuksen ytimeen.
Neuraaliset reitit ovat joko suoria tai epäsuoria. Signaalien polku aivokuorelta basaaliganglioihin, talamukseen ja takaisin aivokuoreen on suora polku, kun taas epäsuora reitti johtaa aivokuorista juoksumattoon, ulkoiseen globus pallidusiin, subtalamuksen ytimeen, sisäiseen globusiin pallidus, ja talamukseen ja kuoreen. Dopamiini innostaa suoria reittejä, ja se estää epäsuoria reittejä, mikä luo infrastruktuurin ymmärtää positiivisen ja negatiivisen palautteen malleja.
Perusganglionien anatomia on monimutkainen ja sisältää erilaisia reittejä hermosignaaleille, jotka menevät aivojen muihin osiin ja sieltä. Sekä claustrum että amygdala liittyvät myös yleiseen rakenteeseen, mutta eivät hallitse liikettä. Tyvien vaurioituminen basaaliganglioissa johtaa liikehäiriöön, kuten Parkinsonin taudissa, pakko-oireiseen häiriöön, aivovaurioon ja muihin.