Biologinen sodankäynti, jota kutsutaan myös alkusotaksi, on haitallisten mikro -organismien, kuten virusten tai bakteerien, käyttö sotilasryhmissä tai terroristeissa siviilejä, vastustavia armeijoita, kasveja tai eläimiä vastaan. Käytetyt organismit voivat toimia tuottamalla haitallisia myrkkyjä tai toksiineja joko ennen lähettämistä tai sen jälkeen. Ei välttämättä ole tarpeen vapauttaa suurta määrää biologista asetta, koska tietyntyyppiset tappavat aineet voivat tappaa jopa miljoonia ihmisiä vapauttamalla vain pieniä määriä.
Sotilaallinen asu tai muut ihmiset, joilla on haitallisia aikomuksia, voivat käyttää biologista sodankäyntiä monella eri tavalla. Yleisin käsitys biologisten tekijöiden käytöstä on, että niiden on tarkoitus tappaa valtavia määriä sotilaita ja siviilejä, mutta niitä voidaan käyttää monin tavoin. Vähemmän haitallisia bakteereita voitaisiin mahdollisesti jakaa vihollissotilaiden kesken, jotta he olisivat liian sairaita taistelemaan. Toinen tehokas mikro-organismien käyttö on käyttää niitä vihollisen ruokakasvien tappamiseen tai vahingoittamiseen niiden elintarviketuotannon katkaisemiseksi, ja tämä voi sisältää karjaa sekä tärkeimpiä kasvipohjaisia elintarvikkeita.
Vuonna 1969 Yhdysvalloissa Yhdysvaltain entinen presidentti Richard M.Nixon julisti, ettei maa enää käytä biologista sodankäyntiä muita maita vastaan. Tämäntyyppinen taistelu kiellettiin kansainvälisellä sopimuksella vuonna 1975, ja se sisältää myös biologisten aseiden hallussapidon ja tuotannon. Sotilaallisten strategien on kuitenkin tähän päivään asti otettava huomioon vihollisen mahdollinen laittoman biologisen sodankäynnin käyttö. Tästä syystä koko tieteellisessä maailmassa tehdään jatkuvasti tutkimusta, joka on omistettu puolustukselle lukuisia biologisia hyökkäysskenaarioita vastaan. Näitä ovat terrori -iskut, joita kutsutaan myös bioterrorismiksi ja joita voi tapahtua missä tahansa ja milloin tahansa.
Jotta biologinen ase olisi tehokas, sen on kyettävä matkustamaan nopeasti ja laajalla alueella. Sen on myös oltava vaikea korjata. Esimerkiksi jos se on sairaus, rokotteen on oltava vaikea saada tai sitä ei ole lainkaan. Pernarutto on eräänlainen biologinen sodankäynti, joka oikein tuotettuna voi levitä ilmalla laajalle alueelle ja tartuttaa kohteensa melko nopeasti. Koska pernarutto ei siirry ihmisten tai eläinten välillä tavallisilla keinoilla, kuten hengittämällä, pernarutto voidaan helposti rajoittaa kohdealueelle. Tämä alue voi kuitenkin olla erittäin suuri ja se pysyy saastuneena pitkään aseen vapauttamisen jälkeen erityisesti biologiseksi aseeksi valmistetun epäpuhtauden lisääntyneen lujuuden vuoksi.
Muita aineita, joita on käytetty tai suunniteltu biologista sodankäyntiä ihmisiä vastaan, ovat kolera, isorokko ja keltakuume, vain muutamia mainitaksemme. Koska lajikkeita on niin monia, biologisten hyökkäysten torjunnasta vastaavien on oltava valmiita tunnistamaan bakteerien tai toksiinien tyyppi mahdollisimman nopeasti monenlaisilla menetelmillä. Biologisten aseiden tuottamia myrkkyjä ja myrkkyjä pidetään usein myös kemiallisen sodankäynnin tyyppeinä. Sekä biologisen että kemiallisen sodankäynnin alalla tehdään paljon tutkimusta samanaikaisesti, koska ne voivat olla niin läheisesti yhteydessä toisiinsa.