Biopolttoaineprosessori on mikä tahansa laite – usein samanlainen kuin pysäytyslaite -, joka muuttaa biomassan polttoaineeksi käymisen avulla. Biopolttoaineiden lähteitä ovat kasvit ja yksinkertaiset organismit, kuten levät. Kaikki nämä mahdolliset polttoaineiden lähteet on käsiteltävä alkuperäisessä muodossaan, jos niitä käytetään vaihtoehtoina öljypolttoaineille.
Biopolttoaineiden edut punnitaan usein käsittelylaitteiden vaikutuksen ja kustannusten perusteella. Esimerkiksi biopolttoaineiden jalostajat voivat muuttaa maissin nestemäiseksi polttoaineeksi, joka tunnetaan nimellä etanoli, mutta maissin kasvattaminen saattaa vaatia merkittäviä resursseja, mukaan lukien energia. Kun biopolttoaineen tuottaminen maksaa enemmän energiaa kuin se voi tuottaa sen avulla, usein polttomoottoreissa, biopolttoaineprosessorin katsotaan yleensä olevan tehoton energiatase. Kun biopolttoaine tuottaa enemmän energiaa kuin sen tuottaminen maksaa, toisaalta biopolttoaineen luonut biopolttoaineprosessori voidaan pitää tehokkaana.
Biopolttoaineprosessoreita on useita malleja, koska edullisimman energiatasapainon luominen voi olla haaste. Pienet, edulliset biopolttoaineprosessorit voivat tuottaa halpaa, palavaa polttoainetta, mutta eivät välttämättä tarjoa samaa laatua kuin kalliimmat ja usein monimutkaisemmat prosessorit. Suuret prosessorit, kuten biopolttoainelaitoksissa käytetyt, voivat tarvita enemmän energiaa toimiakseen ja siten vähentää tuotetun biopolttoaineen tehokkuutta. On kuitenkin monia biopolttoaineiden prosessorimalleja, jotka tarjoavat edullisen tasapainon energiakustannusten ja biopolttoaineiden tuotannon välillä.
Monet biopolttoaineiden haitoista liittyvät saatavilla olevien biopolttoaineiden prosessorien ja lähteiden moninaisuuteen. Nämä lähteet tuottavat usein erilaisia energiataseita ja saattavat vaatia täysin erilaisia koneita. Esimerkiksi vain trooppisessa ympäristössä kasvavalle laitokselle rakennettu biopolttoaineprosessori ei välttämättä saavuta suotuisaa energiatasapainoa käsitellessään aavikkoympäristön kasveja. Erittäin tehokkaat biopolttoaineiden lähteet – materiaalit, jotka toimivat hyvin oikean tyyppisellä prosessorilla – vaativat usein suuria määriä maatalousmaata, mikä voi vähentää elintarviketuottajien käytettävissä olevan pellon määrää.
Tehokkaan biopolttoaineprosessorin luomisen haasteista huolimatta biopolttoaineita pidetään edelleen tehokkaana vaihtoehtoisena energialähteenä öljypohjaisille polttoaineille. Yksi tähän konseptiin vaikuttavista tekijöistä on erilaiset resurssit, jotka voidaan muuntaa biopolttoaineeksi. Mahdollisia lähteitä voivat olla käytetyt ruokaöljyt, vihreät levät ja kasvimateriaali, kuten maissi. Näissä biopolttoaineiden lähteissä on usein tehokas biopolttoaineen prosessori.