Bisulfiittisekvensointi on menetelmä, jossa DNA: n eri alueita analysoidaan metyloimalla. Metylaatio on prosessi, jossa nukleotidiin lisätään tietty molekyyli, jota kutsutaan metyyliryhmäksi, tässä tapauksessa yleensä sytosiiniksi. Epäaktiiviset nukleotidit metyloidaan usein, joten tätä menetelmää voidaan käyttää monenlaisiin tarkoituksiin genomin aktiivisten alueiden määrittämisestä geenipitoisten alueiden tunnistamiseen. Bisulfiittisekvensoinnissa sekvensointiprosessi ei vaikuta metyloituihin sytosiiniin, kun taas metyloimattomat sytosiinit muutetaan urasiiliksi, nukleotidiksi, jota ei yleensä löydy geneettisestä materiaalista, deoksiribonukleiinihaposta (DNA).
Tämä menetelmä on erittäin herkkä metylaation muutoksille, joten pienet muutokset sitoutumisessa voivat antaa tutkijoille tarkkoja tietoja tietyistä nukleotideista. Natriumbisulfiitti muuttaa sytosiinin urasiiliksi, mutta konversio tapahtuu ympäristössä, jossa metyloitu sytosiini ei muutu. Kun bisulfiittisekvensointi on valmis, alkuperäinen DNA on muunnettu merkittävästi erilaiseksi molekyyliksi. Sytosiinit ovat suuresti tyhjentyneet tai mahdollisesti poissa. Jos sytosiinia löytyy edelleen tästä muunnetusta molekyylistä, se edustaa luonnollisesti metyloitua sytosiinia tarkasteltavassa genomissa.
Kuten kaikki kokeelliset protokollat, bisulfiittisekvensoinnilla on haittoja. Sen merkittävin haittapuoli on, että se vaatii erittäin korkean suolapitoisuuden toimiakseen kunnolla. Suola kannustaa yksijuosteisen DNA: n hehkuttamista sen luonnollisemmaksi kaksoiskierreksi, eikä natriumbisulfiitti aina pääse sytosiiniin, kun ne ovat osa kaksijuosteista DNA: ta. Jos suolapitoisuus on liian korkea, useita sytosiinit eivät välttämättä muutu urasiiliksi, mikä johtaa metyloitujen sytosiinien väärään tunnistamiseen genomissa. Denaturoivat aineet voivat olla tarpeen väärien positiivisten tunnistusten määrän minimoimiseksi.
Suuria määriä genomisia tietoja ei tarvita bisulfiittisekvensointiin, joten menetelmällä on hyödyllinen sovellus kliinisten näytteiden analysointiin. Alkuperäisellä nukleiinihappolähteellä ei ole väliä, mutta lähteen on oltava DNA. Teoriassa ribonukleiinihappo (RNA) voitaisiin sekvensoida tätä menetelmää käyttäen, koska suurin osa RNA: sta on yksijuosteista eikä se olisi yhtä altis väärille positiivisille estettyjen nukleotidien vuoksi. Käytännössä bisulfiittisekvensoinnista ei kuitenkaan ole hyötyä RNA: lle, koska RNA: ssa on luonnollisesti urasiilia. Ilman jonkinlaista ulkoista merkintää tai protokollan lisäystä muunnetut sytosiinit olisivat erottamattomia luonnollisesta urasiilista.
Kun suoritetaan mitä tahansa sekvensointimenetelmiä, tarkkuus ja tarkkuus ovat olennaisia. Herkät menetelmät, kuten bisulfiittisekvensointi, tarjoavat luotettavan keinon sekvenssianalyysiin, mikä puolestaan mahdollistaa geenianalyysin ja lääkkeiden ja hoitojen kohteiden tunnistamisen. Vaikka tätä menetelmää ei voida käyttää eläviin ihmisiin, siitä voi silti olla suurta apua vain pienimpien kudosnäytteiden kanssa.