Aivovarsi on aivojen alin osa ja rakenteellinen jatke selkäytimelle. Se on aivojen vanhin osa, rakenteellisesti samanlainen kuin kaikkien selkärankaisten aivoissa olevat osat, ilmeisesti jopa kaikkein vanhimmat selkärankaiset, kuten leuaton kala Haikouichthys, jonka fossiilit ovat 530 miljoonaa vuotta sitten. Alue sisältää taka- ja keskiaivot, kaksi kolmesta pääalueesta, joihin hermoputki erilaistuu alkion muodostumisen aikana. Kolmas alue erottuu muuhun aivoihin.
Epäilemättä alkeellisin aivojen osa, mutta myös tärkeimpiä, aivorunko säätelee ensisijaisesti autonomisia toimintoja yhdessä aivojen ulkopuolisten keskushermoston osien kanssa. Näitä toimintoja ovat sydän- ja verisuonitauti (sydämen syke ja verenpaine), kipuherkkyyden hallinta, valppaus, hengityksen hallinta (hengitys) ja laajimmin tietoisuus – vaikka tämä sana on tunnetusti liukas määritellä. Jos tämä alue on vaurioitunut, kuolema on todennäköinen, kun taas jos esimerkiksi aivokuoren osa (ulompi kerros) on vaurioitunut, selviytyminen on paljon todennäköisempää.
Elämän perustoimintojen säätelyn lisäksi aivorunko toimii eräänlaisena neuroanatomisena kytkentälautana, mutta muu aivo, koska kaiken aivoihin tulevan ja ulos menevän tiedon on läpäistävä se. Sen kolmas tärkeä tehtävä on toimia aivohermojen ytimenä, hermoina, jotka nousevat aivoista pikemminkin kuin selkäytimestä, kuten useimmat hermot tekevät. Ihmisellä on 12 kallon hermoa, jotka palvelevat pään ja kaulan moottoria ja aistijärjestelmää.
Alueen komponentteihin kuuluvat pitkulainen aivot, ponsit ja keskiaivot. Medulla sisältää aivot, jotka ohjaavat hengitystä, sydäntä, nielemistä, oksentelua ja ulostamista. Erityisesti ytimen sydämen keskus ohjaa sydäntä. Medulla on varren alin osa, ja sen yläpuolella on pons, joka on aivorungon ominainen pullistuma. Sen tärkeimmät tehtävät ovat välittää aistitietoa pikkuaivojen ja aivojen (suurin osa aivoista) välillä, auttaa säätelemään hengitystä ja hallita kiihottumista – ei seksuaalisessa mielessä, vaan siinä mielessä, että eläin nukkuu tai on hereillä, on rauhallinen tai kiihtynyt.