CDNA -mikrosarja on menetelmä selvittää, mitkä solun geenit ovat aktiivisia kerrallaan. Tämä on hyödyllistä erottaa geenit, jotka toimivat eri tavoin eri solutyypeissä ja myös mitkä geenit ovat aktiivisia tietyissä olosuhteissa, kuten syöpä. Nimi cDNA on peräisin pienistä deoksiribonukleiinihapposekvensseistä (DNA), jotka tarttuvat solujen ilmentämiin ribonukleiinihapposekvensseihin (RNA). Nämä pienet DNA -sekvenssit täydentävät (c) RNA -sekvenssejä, tästä johtuen tahmeutta, ja ne on myös merkitty fluoresoivilla tunnisteilla, joten kokeilija voi nähdä, mitkä RNA -sekvenssit ilmentyvät ja missä määrin.
Solut sisältävät DNA: ta suunnitelmana kaikille solun tarvitsemille proteiineille. DNA -sekvenssi edustaa aminohappoja, jotka keho tarvitsee keräämään yhteen ja muodostamaan proteiinin. DNA: n ja proteiinin valmistuksen välillä on välivaihe. Solu kopioi geenin sekvenssin toiseen muotoon, jota kutsutaan sanansaattaja -RNA: ksi (mRNA). Sitten solun koneisto lukee mRNA: n ohjeina halutulle proteiinille.
Koska tiettyjen geenien mRNA: ta ei ekspressoida jatkuvasti, geneetikot voivat tarkastella sitä, mitä ekspressoidaan tietyissä olosuhteissa. Yksi hyödyllinen lähestymistapa on verrata kasvainsoluja terveisiin soluihin ja nähdä, mitkä geenit ilmentävät mRNA: ta eri tavalla molemmissa tilanteissa. Nämä tiedot voivat sitten ohjata tutkijoita kohti hoitotavoitteita. Eri tyyppiset solut tuottavat myös erilaisia mRNA -kuvioita, koska jokaisella solutyypillä on eri tehtävä.
CDNA -mikrosarjan perusta on se, että testi tunnistaa näytteestä ilmenneen mRNA: n herkkyydeksi, jonka avulla kokeilija voi selvittää, mitkä geenit ilmentävät enemmän kuin toiset ja mitkä eivät ollenkaan. Koska cDNA -mikrosarja testaa yleensä satoja tuhansia mRNA -sekvenssejä, se tehdään yleensä koneella. Analyytikko ei käytä suoraan mRNA: ta, jonka hän ottaa solusta, vaan tekee kopion kyseisestä mRNA: sta DNA -sekvenssinä.
Kaupalliset yritykset valmistavat cDNA -mikrolevyjä laboratorioiden käyttöön. Ne tekevät DNA -sekvenssejä, jotka vastaavat satoja tai tuhansia geenejä, joita kokeilija haluaa testata, ja asettavat kukin erikseen yhdelle mikrotason lasille. Tämä edustaa kaikkia geenejä, jotka mahdollisesti voitaisiin ilmentää kyseisessä ryhmässä.
Täydentävät mRNA: n sekvenssit, jotka tutkija ottaa solusta, tehdään sitten laboratoriossa kopioimalla RNA DNA: han. Näillä tuotteilla on sekvenssi, joka tarttuu mikrotason objektilasin DNA: han, joka olisi tuottanut mRNA: n. Sitten analyytikko kiinnittää fluoresoivat molekyylit näihin cDNA -sekvensseihin.
Mikrolevylasin peittäminen cDNA: han mahdollistaa minkä tahansa komplementaarisen sekvenssin tarttumisen yhteen. Luistin pestään sitomattoman cDNA: n poistamiseksi. Skanneri mittaa sitten mahdollisen fluoresenssin määrän kussakin yksittäisessä DNA -pisteessä. Geenit, jotka ilmentävät enemmän mRNA: ta, sisältävät enemmän fluoresoivaa cDNA: ta kuin geenit, jotka ilmentävät vähemmän mRNA: ta. Tällä tavalla analyytikko voi selvittää, mitkä geenit ovat muita aktiivisempia, ja verrata tuloksia eri solutyyppiin.