Mikä on Contig?

Viereinen, lyhenne viereisestä, viittaa joko deoksiribonukleiinihapposegmenttiin (DNA) tai päällekkäisten segmenttien tuotteeseen, joka muodostaa jatkuvan, laajan, keskeytymättömän DNA -sekvenssin. Tutkimalla näiden segmenttien karttoja on mahdollista löytää eri sekvenssejä sisältävien segmenttien järjestys, ja jatkoja voidaan lisätä, poistaa tai järjestää uudelleen uusien sekvenssien muodostamiseksi. DNA: n vierekkäisten kartoitusten ja kirjastojen avulla tutkijat voivat tunnistaa linjaukset, jotka voivat aiheuttaa sairauksia, antaa paremman käsityksen siitä, miten solut reagoivat tietyissä olosuhteissa, ja mahdollistavat kyvyn kloonata elävien organismien suotuisat ominaisuudet.

Genomiset yhteydet on kytketty toisiinsa päällekkäin vastaavien sekvenssimerkittyjen joukkojen kanssa tai sovittamalla ilmaistut sekvenssitunnisteet. Ymmärtämällä tämän rakennuspalikkaprosessin, jota DNA -segmenttien emäkset käyttävät, kontiit voivat replikoitua tai kloonata haluttuihin sekvensseihin lisäämällä tai poistamalla vähemmän suotuisia segmenttejä. Tutkijat näkevät nämä sekvenssit karttoina erittäin yksityiskohtaisista, tietokoneistetuista DNA -ohjelmista. Ohjelma tarjoaa visuaalisen erittelyn segmenttien rakentamiseen käytetyistä perustoista ja tiettyjen sekvenssien rakentamiseen käytetyistä segmenteistä. Eri värimalleja käyttämällä erilaiset vierekkäiset ohjelmat näyttävät nämä tiedot matala-, keski- ja korkealaatuisina jaksoina.

Contig -kartoitus valaisee usein geneettisten häiriöiden syitä. Esimerkiksi Williamsin oireyhtymä aiheuttaa monijärjestelmän oireita lapsilla, mukaan lukien sydän- ja verisuonitaudit, kohonneet veren kalsiumpitoisuudet ja kyvyttömyys menestyä. Tutkijat löysivät tiettyihin geeneihin vaikuttavia bändin poistoja, jotka voivat johtua epäsopivasta päällekkäisyydestä. Toinen geneettinen lapsuuden häiriö, cri-du-chat -oireyhtymä, tuottaa myös useita oireita, joista jokainen tutkijoiden mielestä korreloi poistojen ja epänormaalin paikannuksen kanssa.

Tutkijat analysoivat myös kasvilajien vierekkäisiä sekvenssejä. Jokainen kasvi sisältää kyseiselle kasville ainutlaatuisen sekvensoinnin, ja hankkimalla karttoja yksittäisistä kasvilajeista tiedemiehet löytävät samanlaisia ​​ja vaihtelevia ominaisuuksia, jotka voivat vaikuttaa tietyn kasvityypin terveyteen tai huononemiseen. Analysoimalla sairauksia kantavien organismien vierekkäisiä segmenttejä ja sekvenssejä lääkärit voivat määrittää piirteitä, joita voidaan sitten käyttää hoidon kehittämisessä. Kartoitus tarjoaa visuaalisen käsityksen mahdollisista geneettisistä manipulaatioista sekvenssin poistojen tai kloonauksen avulla.

Tutkijat voivat kasvattaa kloonattuja DNA -näytteitä bakteerien keinotekoisessa kromosomissa, hiivan keinotekoisessa kromosomissa tai P1- tai faagin keinotekoisessa kromosomialustassa. Nämä kromosomit sisältävät 50 – satoja tuhansia emäksiä, jotka kokoavat vierekkäisiä segmenttejä. Kolonisaatiojakson jälkeen näytteet uutetaan ruiskulla ja laitetaan DNA -sekvensointigeeliin, joka läpikäy elektroforeesin ja kuivuu. Autoradiografia lukee näytteen ja ottaa sormenjäljet ​​sekvensseistä. Tutkijat skannaavat sormenjäljen kuvatiedostoon, joka voidaan myöhemmin ladata jatko -ohjelmaan.