Termi digitaalinen mikroskooppi voi viitata kahteen eri kokoonpanoon. Se voi olla joko optinen mikroskooppi, johon on liitetty videokamera tai digitaalikamera, tai mikroskooppi, jossa on sisäänrakennettu kamera. Kummassakin tapauksessa se pystyy tuottamaan näkymän näyttämöllä olevana digitaalisena kuvana, ja molemmissa tapauksissa kameraa voidaan kutsua digitaaliseksi mikroskooppikameraksi. Optiseen mikroskooppiin kiinnitetyn digitaalisen mikroskoopin kameran haittana on se, että linssit on suunniteltu ihmissilmälle kameran sijasta, joten kuva voi olla huonolaatuisempi kuin integroidulla mallilla saatu. Toisaalta joissakin integroiduissa malleissa ei ole okulaaria ja ne riippuvat näytön suurennoksesta.
Digitaalinen mikroskooppikamera mahdollistaa useita mahdollisuuksia, joita ei ole käytettävissä mikroskoopilla, jolla ei ole tällaista kameraa. Sen avulla kuvat voidaan tallentaa asiakirjojen säilyttämistä varten, siirtää Internetin kautta tai sisällyttää asiakirjoihin. Projisoidun kuvan avulla voit opiskella kaukana mikroskoopista ja jakaa kuvan muiden kanssa – esimerkiksi opiskelijaryhmän tai työtovereiden kanssa – ja laajentuminen voi myös johtaa tietojen parempaan ymmärtämiseen. Videokameralla lisätään mahdollisuus tallentaa ja jakaa näkymä ilmiöstä tai kokeesta ajan mittaan.
On olemassa monokulaarisia optisia mikroskooppeja ja trinokulaarisia mikroskooppeja, jotka on suunniteltu helpottamaan digitaalisen mikroskooppikameran tai videokameran kiinnittämistä. Monokulaarisen mikroskoopin tapauksessa digitaalikamera sopii yhden okulaarin päälle. Trinokulaarisella mikroskoopilla kamera kiinnitetään kolmanteen okulaariin, joka on erityisesti suunniteltu tätä käyttöä varten. Kun digitaalimikroskooppikamera lisätään mikroskooppiin, tavallinen liitin on C-kiinnitysmikroskooppisovitin.
Hirox® rakensi ensimmäisen digitaalisen mikroskoopin vuonna 1986. USB ja FireWire mahdollistavat nyt suoran yhteyden digitaalisen mikroskoopin kameran ja tietokoneen välillä. Muita tärkeitä eroja digitaalimikroskoopin kokoonpanoissa ovat optiikan laatu, okulaarin saatavuus, kameran megapikselimäärä, käytetty ohjelmisto, onko mikroskooppi jalustalla vai kädessä pidettävä, ja hinta .