Endopeptidaasi on eräänlainen proteaasi, entsyymi suuresta ryhmästä, joka hajottaa proteiineja. Entsyymit ovat proteiineja, jotka saavat reaktiot tapahtumaan paljon nopeammin. Proteiinit koostuvat aminohappoketjuista, jotka on kytketty peptidisidoksilla. Tämä sidos yhdistää yhden aminohapon karboksyylipäähän seuraavan aminohapon. Endopeptidaasit katkaisevat proteiinin sisältämien aminohappojen peptidisidokset toisin kuin eksopeptidaasit, jotka katkeavat proteiinin päistä.
Endopeptidaaseja esiintyy kaikissa organismiluokissa ja niillä on laaja valikoima biologisia aktiivisuuksia. Ne ovat mukana ruoan proteiinin hajoamisessa. Tämä sisältää entsyymit pepsiini, trypsiini ja kymotrypsiini. Proteaasit osallistuvat myös solujen signalointiin hajottamalla muita proteiineja, kuten vasta -aineita tai hormoneja. Ne voivat kytkeä reitit päälle tai pois.
Proteaasit valmistetaan yleensä ensin suurempana molekyylinä, joka on inaktiivinen. Tämä suojaa sitä syntetisoivaa solua vaurioitumiselta. Kun proteaasi on toimitettu kohteeseen, esimerkiksi vatsaan, palanen molekyylistä poistetaan. Tämä aktivoi proteaasin.
Koska heillä on lukemattomia rooleja solutoiminnassa, endopeptidaasiaktiivisuus on paljon lääketieteellistä kiinnostusta. Yksi esimerkki tästä on prolyylin endopeptidaasi, joka katkeaa spesifisesti aminohapon proliinin jälkeen. Se on liitetty psykologisiin häiriöihin, kuten masennukseen, maniaan ja skitsofreniaan. Prolyyli-endopeptidaasi-inhibiittoreita mahdollisina masennuslääkkeinä on kliininen kiinnostus.
Toinen esimerkki on neutraali endopeptidaasi, jolla on useita muita nimiä. Se tunnetaan myös nimellä neprilysiini ja yleinen akuutti lymfoblastinen leukemiaantigeeni (CALLA). Tämä proteaasi hajottaa pieniä eritettyjä peptidejä, mukaan lukien peptidi, joka on oletettu syyksi Alzheimerin tautiin, ja useita tärkeitä signalointipeptidejä. Neutraalia endopeptidaasia käytetään joskus syövän merkkiaineena, mutta sen rooli syövässä on epäselvä. Inhibiittorit on kehitetty helpottamaan kipua ja hallitsemaan korkeaa verenpainetta.
Endopeptidaasit sijoitetaan eri perheisiin niiden aktiivisen paikan rakenteen ja olosuhteiden mukaan. On seriiniproteaaseja, joiden aktiivisessa paikassa on aminohappo seriini. Tähän perheeseen kuuluvat ruoansulatusproteaasit trypsiini ja kymotrypsiini yhdessä prolyylin endopeptidaasin kanssa. Yksi estäjä, jota käytetään usein biokemiallisissa tutkimuslaboratorioissa, on erittäin myrkyllinen yhdiste fenyylimetaanisulfonyyliflouridi (PMSF). Sitä käytetään proteiinin eristämisen ja puhdistuksen aikana estämään seriiniproteaasiaktiivisuutta, joka voi heikentää puhdistettavaa proteiinia.
Kysteiiniproteaasien aktiivisessa paikassa on rikkiryhmä ja ne ovat yleisiä hedelmissä. Näitä entsyymejä löytyy lihan pehmentimistä. Papaiini on esimerkki tällaisesta endopeptidaasista, ja sitä käytetään mehiläisten ja ampiaisten pistojen hoitoon.
Asparagiiniproteaasien aktiivinen kohta sisältää yleensä kaksi aspartaattiryhmää. Metalloendopeptidaasit tarvitsevat aktiivisuutta varten metallikofaktorin. Neutraalit endopeptidaasit ovat osa tätä perhettä, jotka tarvitsevat sinkkiä toimintaansa.