Ensisijaiset vasta -aineet ovat kehon immuunijärjestelmän osia, jotka hyökkäävät suoraan kehon vieraisiin hyökkääjiin, kuten bakteereihin. Vasta -aineet on suunniteltu tunnistamaan ja tuhoamaan tai neutraloimaan tietty järjestelmässä oleva virus, bakteeri tai muu tunnistamaton esine. Vasta -aineet ovat joko primaarisia, mikä tarkoittaa, että ne sitoutuvat suoraan kohdistettuun hyökkääjään, tai toissijaisia, mikä tarkoittaa, että ne sitoutuvat sen sijaan ensisijaiseen vasta -aineeseen tai tuhoutuneen hyökkääjän jäänteisiin. Sekä primaarisia että sekundaarisia vasta -aineita käytetään tieteellisessä tutkimuksessa tiettyjen virusten tai muiden mikroskooppisten aineiden tunnistamiseen ja seurantaan.
Kun keho kohtaa hyökkääjän, joka tunnetaan antigeeninä, se luo vasta -aineen sitä vastaan. Tämä vasta -aine on olemassa vain tietyn tyyppisen antigeenin etsimiseksi ja tuhoamiseksi. Esimerkiksi tietyn influenssaviruksen kannan vasta -aineet sitoutuvat kyseiseen influenssavirukseen ja tuhoavat sen ennen kuin sillä on mahdollisuus sairastaa henkilö.
Vasta-aineet ovat Y-muotoisia ja sisältävät alueen jokaisen Y-haaran päässä, joka tunnetaan nimellä paratope. Paratope on muotoiltu niin, että se voi sitoutua tiettyyn antigeeniin. Osa antigeenistä, joka tunnetaan epitooppina, mahtuu paratooppiin ja jää loukkuun. Aivan kuten palapelin pala sopii vain yhteen palapelin palaan, primaarinen vasta -aine hyväksyy vain yhden tietyn tyyppisen epitoopin antigeenillä. Vasta -aine saattaa estää esimerkiksi tietyn viruksen kannan, mutta se ei estä kaikkia viruksen kantoja.
Toisin kuin primaarinen vasta -aine on toissijainen vasta -aine, joka ei sitoudu suoraan vieraaseen hyökkääjään. Sen sijaan se sitoutuu joko ensisijaiseen vasta -aineeseen tai vieraan hyökkääjän jäljellä olevaan fragmenttiin. Toissijaisia vasta -aineita käytetään tieteellisiin tarkoituksiin tunnistamaan kehosta löytyviä viruksia ja bakteereja. Primaariset vasta -aineet ovat usein merkitsemättömiä, mutta toissijaiset vasta -aineet ovat. Kun ne ovat sitoutuneet ensisijaiseen vasta -aineeseen, tutkija voi tarkkailla, millaisia primaarisia vasta -aineita ja antigeenejä näytteestä löytyy.
Primaaristen ja sekundaaristen vasta -aineiden käyttö on tärkeää sairauksien, kuten Alzheimerin taudin, ymmärtämiseksi ja tutkimiseksi. Huolellisesti kontrolloidut primaariset vasta -aineet sitoutuvat hyvin spesifiseen antigeeniin, ja tiedemiehet voivat tämän tiedon avulla havaita tarkasti, millaisia antigeenejä löytyy sairaan ihmisen kehosta. Se osoittaa myös, toimiiko vasta -aine väärin ja hyökkääkö terveellisiin elementteihin ei -toivottujen vieraiden elementtien sijasta ja tekee ihmisestä vielä sairaamman.