Epätäydellinen peräaukko, joka tunnetaan myös nimellä peräaukon atresia, on peräaukon ja peräsuolen synnynnäinen epämuodostuma. On olemassa muutamia epätäydellisiä peräaukkoja, mukaan lukien tapaukset, joissa peräaukko on olematon, väärässä paikassa tai ihon kalvo on tukossa. Vakavammissa tapauksissa peräsuolen tai alaosan suolen alin osa ei ole kiinnittynyt peräaukkoon ollenkaan. Sen sijaan saattaa olla epänormaali aukko, joka tunnetaan fistulana ja jonka avulla uloste pääsee peräsuolesta virtsarakkoon tai emättimeen tai ulos välilihasta. Joskus ei ole fisteliä, ja jos peräsuolesta ei myöskään ole kytketty peräaukkoon, silloin ei ole yhtään kanavaa, joka antaa ulosteen ulos kehosta.
Syntymävikaa, joka tunnetaan epätäydellisenä peräaukkona, pidetään melko yleisenä, ja se vaikuttaa jokaiseen 5,000 vauvaan. Se havaitaan yleensä syntymän yhteydessä suoritetun fyysisen kokeen aikana. Tämä tila voi vaikeuttaa tai mahdotonta vauvojen liikuttaa suolistoaan ja voi johtaa ulosteenpidätyskyvyttömyyteen, ummetukseen ja suolen tukkeutumiseen. Leikkaus on lähes aina tarpeen tämän tilan korjaamiseksi, mutta leikkaus voi olla enemmän tai vähemmän monimutkainen, riippuen kunkin tapauksen tarkasta luonteesta.
Peräsuolen epämuodostuma on eräänlainen epätäydellinen peräaukko, joka ilmenee, kun peräaukko on läsnä ja yhdistetty peräsuoleen, mutta joka kuitenkin sijaitsee väärässä paikassa. Tämäntyyppinen epätäydellinen peräaukko aiheuttaa yleensä peräaukon kehittymisen liian lähelle sukupuolielimiä, ja peräaukko voi myös olla väärän kokoinen. Jos peräaukko on liian kapea tai väärässä asennossa, lapsi voi kärsiä kroonisesta ummetuksesta, ja hoitoon liittyy peräaukon kirurginen uudelleenasettaminen sopivampaan paikkaan. Joskus peräaukko on läsnä, sopivan kokoinen ja oikeassa paikassa, mutta ihon kalvo on tukossa. Kirurgit voivat avata tämän kalvon, jotta vauva pääsee ulosteesta.
Jos peräsuolaa ei ole liitetty peräaukkoon, lapsi voi tarvita useita korjaavia leikkauksia ja joutua käyttämään kolostomiapussia jonkin aikaa. Kaikki fistulat, jotka yhdistävät peräsuolen virtsarakkoon, emättimeen tai perineumiin, on yleensä suljettava. Jos vauva syntyy ilman peräaukkoa, se on ehkä rakennettava kirurgisesti.