Epitooppi on osa proteiinia, jonka immuunijärjestelmä tunnistaa. Ne tunnistavat spesifiset T -solut, B -solut ja B -solujen tuottama vasta -aine. Kun nämä solut tunnistavat ja aktivoivat tietyt epitoopit, ne alkavat rakentaa immuunivastetta. Useimmat epitoopit ovat peräisin proteiineista, jotka immuunijärjestelmä luokittelee ei-itseksi, mikä tarkoittaa, että proteiinit ovat osa vierasta organismia, kuten virusta tai bakteeria.
T -solut ja B -solut reagoivat erityyppisiin epitooppeihin. Molemmat solutyypit voivat reagoida saman organismin epitooppeihin, mutta eivät reagoi täsmälleen samaan epitooppiin. Tämä johtuu siitä, että jokainen solutyyppi reagoi erikokoisiin ja -muotoisiin epitooppeihin. Yleensä T -solut reagoivat epitooppeihin, jotka ovat paljon pienempiä kuin B -solujen ja vasta -aineiden tunnistamat.
T -soluille aktivoiva epitooppi on proteiinin fragmentti. T-solua aktivoivia epitooppeja ovat ne, jotka ovat käsitelleet immuunisolut, joita kutsutaan antigeenia esitteleviksi soluiksi tai APC: ksi. Kun APC käsittelee epitooppeja, se tekee sen nauttimalla bakteereja tai viruksia ja hajottamalla nämä organismit niiden muodostaviin proteiineihin ja muihin makromolekyyleihin. APC: t näyttävät sitten pinnoillaan proteiinifragmentteja, jotka voivat olla jopa kahdeksan aminohapon kokoisia. Kun T -solu tunnistaa epitoopin ja vastaanottaa muita tarvittavia stimuloivia signaaleja, T -solusta tulee aktiivinen osa immuunivastetta.
Sitä vastoin B -solut ja niiden tuottamat vasta -aineet aktivoidaan paljon suuremmilla epitooppeilla. B -solujen ja vasta -aineiden epitoopit ovat edelleen normaaleissa kolmiulotteisissa konformaatioissaan. Tämä ero T -solujen ja B -solujen tunnistamien epitooppityyppien välillä antaa jokaiselle solutyypille mahdollisuuden suorittaa erilaisia immuunitoimintoja.
Vasta -aineet tunnistavat epitooppeja natiiviproteiineista, jotka näkyvät usein tietyn infektoivan organismin pinnalla. Bakteeri tai virus päällystetään lopulta vasta -aineella, jolloin se on altis fagosyyttiselle tappamiselle. Sitä vastoin T -solut tunnistavat lyhyemmät epitoopit ja alkavat eri toimintoihin, kuten sytokiinituotantoon. Ne ovat myös tehokkaita tappamaan viruksia tai solunsisäisiä bakteereja tartuttavia soluja ja tunnistavat tartunnan saaneet solut, koska infektio saa solut näyttämään vieraita epitooppeja pinnoillaan.
Epitooppien vahva merkitys immuunijärjestelmässä on johtanut epitooppikartoituksen kehittämiseen. Tämä tekniikka on kehitetty tunnistamaan ihmisen patogeenien elementtejä, jotka T -solut ja B -solut todennäköisesti tunnistavat epitooppeiksi. Sellaisina tunnustettuja epitooppeja voidaan sitten käyttää rokotteiden kohteina, ja niistä voi tulla myös diagnostisten testien perusta.