Hunajan makuun vaikuttaa se, missä mehiläiset leviävät, kun he keräävät nektaria. Tästä syystä monet kaupat tarjoavat valikoiman makuja, yleensä apilahunajaa, salviahunajaa ja erilaisia hunajaseoksia. Ero on maussa eikä ravitsemuksessa, vaikka hunajan ravintoarvoon voi vaikuttaa sen käsittely ja käsittely. Kun valitset ostettavan tyypin, ostajien tulee valita sellainen, joka näyttää ja maistuu hyvältä, ja muista, että et syötä hunajaa imeväisille botulismin vuoksi.
Hunaja on yksi vanhimmista ihmisen tuntemista makeutusaineista, ja sitä on käytetty ja kirjoitettu paljon historiallisesti. Varhaiset tarkkailijat totesivat, että hunajan makuun vaikuttivat alue, jolla mehiläiset keräsivät mettä ja kausi, ja varhaiset mehiläishoitajat sijoittivat mehiläispesät strategisiin paikkoihin parantaakseen hunajansa laatua. Kun mehiläiset syövät esimerkiksi tuoksuvista kukista, kuten laventelista, hunaja on tuoksuva ja maustettu kevyesti laventelilla. Tummempi hunaja, jolla on voimakkaampi maku, tulee kasveista, kuten tattarista, ohdakkeesta, sinimailasta, salviasta ja marjakasveista. Vaaleammat hunajat, kuten apilahunaja, akaasia ja appelsiininkukkahunaja, ovat miedompaa makua ja väriä.
Tyypillisesti hunaja tunnistetaan ensisijaisesta rehukasvista, johon mehiläiset pääsevät. Esimerkiksi omenatarhassa elävät mehiläiset tuottavat omenakukkien hunajaa. Joissakin tapauksissa hunaja sekoitetaan käsittelyn aikana tietyn maun luomiseksi. Erityisesti tummempia hunajia sekoitetaan joskus vaaleisiin hunajiin, jotta tattarin ja marjojen rikkaat ja vakuuttavat maut voidaan sekoittaa miedompaan apilaan tai appelsiinihunajaan, jotta maku ei ole ylivoimainen. Hunajan makuja voidaan myös sekoittaa sallimalla mehiläisten pääsy monenlaisiin kasvimateriaaleihin.
Käsittely vaikuttaa myös hunajan makuun. Luonnollisimmin maustettu hunaja on hunajakennohunaja, joka on pakattu, kampa ja kaikki myytäväksi kuluttajille. Tämä tyyppi ei kuitenkaan ole kovin hyllyvakaa, koska sitä ei suodateta epäpuhtauksien varalta. Tyypillisesti hunajan annetaan hitaasti valua hunajakennosta suodattimen yli ennen pakkaamista, vaikka hunajakennoa voidaan myös pyöritellä sentrifugissa. Kuumennettu hunaja menettää suuren osan maustaan, joten kuluttajien tulisi yrittää pitää kiinni kylmäkäsitellystä, minimaalisesti käsitellystä hunajasta parhaan maun saamiseksi.