Vaikka Linux® ja Windows® ovat molemmat käyttöjärjestelmiä, jotka on suunniteltu käytettäväksi henkilökohtaisessa tietokoneessa, näiden kahden välillä on monia eroja. Tärkein ero Linuxin® ja Windows®: n välillä on koodin saatavuus. Linux® toimii GNU Public License -lisenssillä, mikä tarkoittaa, että sen lähdekoodi on kaikkien saatavilla, jotka haluavat tutkia tai muuttaa sitä. Henkilön pitäisi olla jotenkin yhteydessä Microsoftiin, joka tuottaa Windows® -yrityksen, jotta näkee kyseisen käyttöjärjestelmän koodin.
Toinen keskeinen ero Linuxin® ja Windows®: n välillä on saatavilla olevien versioiden määrä. Microsoft on ainoa Windows® -käyttöjärjestelmää tuottava yritys, kun taas useat valmistajat tekevät Linux® -versioita. Henkilö, joka päättää asentaa Linuxin® tietokoneelleen, voi valita Red Hat-, Ubuntu-, Debian- ja monien muiden yritysten joukosta.
Päivitysten saatavuus vaihtelee myös Linux®- ja Windows® -käyttöjärjestelmien välillä. Uusi Windows® -versio julkaistaan yleensä muutaman vuoden välein, koska Windows 98® korvasi Windows 95®: n ja Windows Vista® vuonna 2006 korvasi XP: n, joka julkaistiin vuonna 2001. Uusilla Linux® -versioilla, jotka tunnetaan nimellä jakelu, ilmestyä puolivuosittain. Täysin uuden käyttöjärjestelmän ostamisen sijaan Linux® -käyttäjä voi yleensä ladata ja asentaa uuden jakelun päivityshallinnastaan. Linuxin® ja sen uusien jakelujen asentaminen on yleensä ilmaista.
Uuden jakelun asentaminen päivityshallinnasta säilyttää henkilön tiedostot ja asetukset. Henkilö, joka käyttää Windowsia ja tarvitsee päivityksen, voi yleensä myös säilyttää tiedostonsa ja tietonsa päivittämällä versiosta toiseen. Yksinkertainen päivitys ei kuitenkaan ole aina mahdollista. Joissakin tapauksissa käyttäjän on ehkä poistettava vanhempi Windows® -versio kokonaan ja asennettava sitten uusi, mikä johtaa tietojen menetykseen.
Tietoturvauhkien käsittely eroaa Linux®- ja Windows® -käyttöjärjestelmissä. Koska Linux® on avoimen lähdekoodin ja kuka tahansa voi käyttää koodia sen korjaamiseen, tietoturvaongelmat ratkaistaan ja uusi koodi julkaistaan paljon säännöllisemmin kuin Windows®. Windows® julkaisee yleensä virheenkorjauksia ja tietoturvakorjauksia kuukausittain, ja ongelmien ratkaiseminen kestää yleensä kauemmin. Turvallisuusrikkomusten hitaampi korjaus antaa hakkereille ja muille, joilla on haitallinen tarkoitus, suuremman ikkunan, jossa he voivat hyökätä pahaa aavistavien tietokoneiden kimppuun.
Linux® ja Windows® eroavat myös tavasta, jolla ne esittävät tietoja käyttäjälle. Molemmissa käyttöjärjestelmissä käyttäjä voi valita komentorivikäyttöliittymän ja graafisen käyttöliittymän (GUI) välillä, mutta komentorivikäyttöliittymä sisältää vain tekstiä ja voi olla Windows®-käyttäjille tuttu MS-DOS-muodossa. GUI on työpöytä, jossa on kuvakkeet ja kuvat, jotka monet tietokoneen käyttäjät tuntevat. Linuxilla® on yleensä enemmän vaihtoehtoja käyttäjilleen sekä graafisella käyttöliittymällä että komentorivillä.