Vaikka sekä loratadiini että setiritsiini ovat antihistamiineja, ne ovat kumpikin erilainen kemiallinen yhdiste, joka hoitaa allergiaoireita eri tavoin. Molempia lääkkeitä annetaan samantyyppisille allergioille, ja ne ovat molemmat tehokkaita aivastelua, nenän kutinaa ja vetisiä silmiä vastaan ja tehottomia oireita, kuten nokkosihottumaa ja systeemisiä allergisia reaktioita vastaan. Huolimatta näiden lääkkeiden vaikutusten samankaltaisuuksista, niiden kemialliset koostumukset ovat erilaisia ja sen seurauksena niillä on erilaiset vaikutukset niitä käyttäviin potilaisiin.
Molekyylisesti nämä aineet on rakennettu eri tavoin. Loratadiini koostuu 22 hiiliatomista, 23 vetyatomista, kahdesta typpiatomista, kahdesta happiatomista ja klooriatomista. Nämä atomit on järjestetty molekyyliksi, jolla on useita erilaisia haaroja. Setiritsiini koostuu 21 hiiliatomista, 25 vetyatomista, kolmesta happiatomista, kahdesta typpiatomista ja yhdestä klooriatomista, jotka on järjestetty pitkäksi ketjuksi ja kytketty kahteen hydrokloridimolekyyliin. Vaikka rakennuspalikat ovat samankaltaisia, näiden molekyylien järjestelyn ansiosta ne voivat taistella allergiaoireita vastaan eri tavoin.
Yksi tärkeimmistä eroista loratadiinin ja setiritsiinin välillä ovat haittavaikutukset, joita potilaat voivat kokea käyttäessään niitä. Vaikka suun kuivumista ja ruoansulatuskanavan epämukavuutta nähdään molempien lääkkeiden käytön yhteydessä, loratadiinin tiedetään myös aiheuttavan päänsärkyä, suun haavaumia, hermostuneisuutta ja levottomuutta. Toisaalta setiritsiini voi aiheuttaa uneliaisuutta, joka voi olla vaikeaa joillakin potilailla. Myös setiritsiiniä käyttävillä potilailla voi olla hengitysvaikeuksia, joita ei yleensä havaita loratadiinia käyttävillä potilailla, ellei potilas ole anafylaksiassa.
Toinen ero loratadiinin ja setiritsiinin välillä on tapa, jolla kukin lääke voidaan antaa. Aikuisille annetaan yleensä 10 milligramman annos kerran päivässä jompaakumpaa näistä lääkkeistä, kun taas yli kahden vuoden ikäisille lapsille annetaan usein puolet tästä määrästä. Loratadiiniannosta ei ole vahvistettu alle kahden vuoden ikäisille lapsille, kun taas kuuden kuukauden ja kahden vuoden ikäiset lapset voivat turvallisesti ottaa 2.5 milligrammaa setiritsiiniä.
Loratadiinin ja setiritsiinin suurten annosten pitkäaikaiset vaikutukset ovat myös erilaisia. Laboratoriokokeissa setiritsiini ei lisännyt syöpäriskiä eikä heikentänyt hedelmällisyyttä, vaikka sitä annettaisiin annoksia, jotka olivat selvästi suositellun enimmäisannoksen yläpuolella. Erittäin suuret loratadiiniannokset lisäsivät kuitenkin syöpäriskiä ja miesten hedelmällisyyttä.