Biologisessa taksonomiassa – jota kutsutaan myös tieteelliseksi luokittelemiseksi tai biologiseksi luokitteluksi – monofiilisesti tarkoittaa ryhmää, joka sisältää yksinomaan lajin ja kaikki sen esi -isät, kun taas polyphyly tarkoittaa ryhmää, joka voi sisältää “tarttumispussin” eri perheistä. Näitä ryhmiä kutsutaan vastaavasti monofy- leettisiksi ja polyfyleettisiksi ryhmiksi. Esimerkki polyfyleettisestä ryhmästä olisi “matoja” tai “lämminverisiä eläimiä”, kun taas monofyyttinen ryhmä olisi “nisäkkäät” tai “äyriäiset”.
Biologisen taksonomian historia on ollut yksi pyrkimyksistä poistaa polyfyyttiset ryhmät monofyyttisten ryhmien hyväksi. 1970 -luvulta lähtien tätä on helpottanut paljon geneettiset menetelmät – joita kutsutaan myös fylogeneettiseksi analyysiksi tai “molekyylitutkimuksiksi” – jotka tutkivat saman pituisia DNA: ta löytääkseen kuinka eläimet liittyvät toisiinsa. Monien pinnallisesti samankaltaisten ryhmien voidaan todeta olevan käytännössä toisistaan riippumattomia. Esimerkiksi jalaton liskojen perhe Pygopodidae näyttää samanlaiselta kuin käärmeet, mutta ne erottuvat niistä vilkkuvilla silmäluomilla (joista käärmeillä puuttuu), ulkoisilla korviaukoilla, litteillä, avaamattomilla kielillä ja eteisraajalla. Amatöörille eron kertominen voi olla hieman vaikeaa, mutta ammattibiologille se voi olla selvää.
Yksi tavanomaisimmista esimerkeistä polyfyleettisestä ryhmästä ovat lämminveriset eläimet, joihin kuuluu sekä lintuja että nisäkkäitä. Molemmilla lajeilla on yhteinen esi -isä, joka eli paleozoikan aikana hyvin kauan sitten. Linnut, vaikkakin lämminveriset, kehittyivät kylmäverisistä esi-isistä, dinosauruksista, jotka ovat tuskin monofyyttisiä nisäkkäiden kanssa. Niinpä linnut ja nisäkkäät ovat täysin eri ryhmistä, mutta molemmat kuuluvat lämminveristen eläinten yleiseen luokkaan.
Erityinen biologinen taksonomia on taksonomien tavoite, mutta usein ristiriidassa yleisen viisauden tai puutteen kanssa. Esimerkiksi kun sinulta kysytään “Onko meressä hyönteisiä?” jotkut saattavat vastata: “No, totta, hummerit ovat eräänlaisia hyönteisiä.” Vaikka satunnaiselle tarkkailijalle tämä vastaus saattaa tuntua riittävältä, se riittää aiheuttamaan uran taksonomin käytännössä sylkemään kahvinsa.
Hyönteiset kuuluvat Insecta -luokkaan, kun taas hummerit kuuluvat Crustacea -alaryhmään, joka on täysin erilainen ryhmä. Vaikka molemmat ovat niveljalkaisia ja luultavasti liittyvät toisiinsa, ryhmät ovat melko erilaisia, joista toinen on pääasiassa maanpäällisiä ja toinen vesieliöitä. Satunnaisesti viittaaminen niihin monofyyttisenä ryhmänä on sellainen tapa, jota vastaan taksonomit taistelevat tarkentamalla eläinten välisiä suhteita, mikä auttaa meitä ymmärtämään niitä paremmin.