Vaikka jotkut ihmiset määrittelevät rukouksen ja meditaation eron uskonnollisena tulkintana, toiset uskovat, että ero on jokaisen käytännön fyysisessä toiminnassa. Todellinen ero molemmissa tapauksissa ei ole sanotuissa sanoissa tai käytetyssä menetelmässä. Sen sijaan rukouksen ja meditaation välinen ero määritellään kutakin harjoitusta harjoittavien yksilöiden uskomusten perusteella.
Rukous on pyyntö tai toive, joka on osoitettu jumalalliselle olennolle. Se pyytää usein tietoja tai hakee myöntämistä, vaikka se voi myös kiittää saamastaan asiasta. Tämä teko voi liittyä sekä henkiseen psyykeen että fyysiseen kehoon, aivan kuten meditaatio. Rukoilemista voidaan harjoitella polvistumalla, istuen tai seisomalla palvonnan aikana. Päätavoite rukouksen aikana on puhdistaa mieli kaikista ulkopuolisista ajatuksista ja keskittyä itse rukoukseen sekä pyyntöön.
Sitä vastoin meditaatiota käytetään mielen keskittämiseen yritettäessä tarkastella sisäistä itseä ja keskittää ihmisen oma tietoisuus. Meditaatio voidaan suorittaa rukouksen tapaan ryhmäympäristössä tai yksin. Fyysisen meditaation muotoja on monia. Jotkut meditaatiomenetelmät käyttävät istumista, seisomista tai kävelyä. Meditaation ensisijainen tavoite ei ole saada mitään jumalallisesta lähteestä, vaan saavuttaa rentoutumistila.
Sekä rukouksella että meditaatiolla uskotaan olevan henkistä ja fyysistä terveydellistä hyötyä. Meditaation on osoitettu auttavan lievittämään stressiä, vähentämään kipua ja hallitsemaan hengitystä. Se on myös yhdistetty aineenvaihdunnan, verenpaineen ja aivotoiminnan muutoksiin. Rukous on myös ansioitunut auttamaan harjoittajia stressin lievittämisessä, masennuksessa ja yleisen terveyden ylläpitämisessä.
Jotkut uskonnot käyttävät sekä rukousta että meditaatiota yhdessä rukousmeditaatiossa tunnetussa käytännössä. Tämä rukousmuoto vaatii harjoittajan istumaan hiljaa ja rentoutumaan rukoillessaan. Meditaation sisällytetty osa auttaa keskittymään mieleen ennen rukouksen aloittamista.
Rukoushelmiä voidaan käyttää rukousmeditaation aikana. Samoin kuin katolinen rukous, rukoushelmet ovat sarja helmiä, jotka on kiristetty yhteen langalla. Käyttääkseen rukoushelmiä harjoittaja pitää helminauhaa käsiensä välissä rukoillessaan sanamuotoa. Nämä sanat, kun ne sanotaan toistuvassa prosessissa, auttavat mielen keskittymisessä ja kehon rentouttamisessa.