Estrogeeni on hormoni, joka hallitsee kuukautiskierron ensimmäistä osaa naisilla, kun taas progesteroni pyrkii hallitsemaan toista osaa heti ovulaation jälkeen. Molemmat hormonit on pidettävä tasapainossa voidakseen tulla raskaaksi, minkä vuoksi liian vähäinen tai liiallinen estrogeeni vaikuttaa negatiivisesti hedelmällisyyteen. Liian vähän tätä hormonia voi aiheuttaa kohdun limakalvon olevan liian ohut kantaakseen raskauden ja jopa pysäyttää ovulaation kokonaan. Liian paljon estrogeenia voi aiheuttaa libidon heikkenemistä ja jopa johtaa lisääntymisongelmiin, kuten PCOS tai endometrioosi. Estrogeenin vaikutukset hedelmällisyyteen voidaan havaita myös miehillä, koska joillakin on liikaa tätä hormonia.
Kuukautiskierron ensimmäistä puoliskoa hallitsee estrogeeni, mikä mahdollistaa kehon ovulaation syklin puoliväliin. Jos estrogeenia ei ole riittävästi, keho ei todennäköisesti ovuloi tai vapauta munia. Nainen voi yleensä kertoa, ettei hän ovuloi säännöllisesti, kun hän ei huomaa paljon kohdunkaulan limaa koko syklin aikana, ja myös lopettaa kuukautistensa saamisen joka kuukausi, mikä tekee selväksi, että riittämätön estrogeeni vaikuttaa negatiivisesti hedelmällisyyteen. Lisäksi hänellä voi olla kuumia aaltoja, yöhikoilua ja päänsärkyä. Alhaiset estrogeenipitoisuudet johtuvat tyypillisesti liian laihasta, liiallisesta liikunnasta tai taustalla olevasta sairaudesta, joka ei salli munien vapautumista.
Vaikka liian vähän estrogeenia vaikuttaa ilmeisesti hedelmällisyyteen, tiedetään myös, että liika estrogeeni voi heikentää myös hedelmällisyyttä. Noin syklin puolivälissä, juuri ovulaation jälkeen, progesteroni -hormonin pitäisi ottaa valtaansa, ja sykli joko päättyy raskauden aikana tai kohdun limakalvon hajoaminen kuukautisten kautta. Liian paljon estrogeenia voi johtaa liian vähäiseen progesteroniin ja voi myös aiheuttaa lääketieteellisiä ongelmia, jotka eivät edistä säännöllistä ovulaatiota, kuten endometrioosi, PCOS, kohdun fibroidit ja kohdun syöpä. Lisäksi estrogeenivalta voi heikentää libidoa suuresti, mikä yleensä johtaa vähemmän yhdyntään ja vähemmän mahdollisuuksiin tulla raskaaksi. Liiallinen estrogeeni johtuu yleensä ylipainosta, huonosta ruokavaliosta ja liiallisesta stressistä.
Miehillä on pieni määrä estrogeenia kehossaan, ja usein testosteroni tasapainottaa ne. Jotkut miehet tuottavat liikaa tätä hormonia tai ottavat sen keinotekoisesti tiettyjen lääketieteellisten ongelmien ratkaisemiseksi. Valitettavasti estrogeenillä on negatiivinen vaikutus miesten hedelmällisyyteen, kuten alhainen libido ja alhainen siittiöiden määrä. Siksi on tärkeää saada tämä ongelma korjattua, jotta hedelmöitys on todennäköistä.