Etanolibiomassa on orgaaninen materiaali, joka soveltuu etanolin tuotantoon. Maissi on merkittävä ja laajalti käytetty esimerkki tästä, mutta muita lähteitä voivat olla levät, ruoho ja muut selluloosakasvit. Biomassan hankinta on joillekin etanolituottajille huolenaihe, koska he tarvitsevat pääsyä energiapitoisiin materiaaleihin, jotka voidaan muuntaa tehokkaasti etanoliksi. Joissakin piireissä biomassan hankinta on kiistanalaisen keskustelun aihe.
Termi “biomassa” viittaa yleisemmin orgaaniseen materiaaliin, klassiseen jätemateriaaliin, jota ei voida syödä tai käyttää teollisissa prosesseissa. Termiä käytetään myös ekologiassa puhumaan kasvin kokonaismateriaalista tietyllä alueella, ja biomassa on huolenaihe sekä biologinen monimuotoisuus. Etanolibiomassaa voidaan itse asiassa käyttää teollisissa prosesseissa, ja jotkut biomassan lähteet ovat itse asiassa myös elintarvikkeiden lähteitä.
Etanolin valmistamiseksi biomassa on muutettava niin, että sen energia on saatavilla polttoaineena, jota ihmiset voivat käyttää. Etanolin tuotanto perustuu etanolibiomassan käyttöön, joka vaatii vähemmän energiaa kasvaa ja muuntua kuin se tuottaa. Muuten prosessi olisi tehoton, jolloin etanoli olisi huono vaihtoehto vaihtoehtoisesta polttoaineesta. Kasvit, kuten vaihdeheinä, ovat hyviä ehdokkaita, koska ne tarvitsevat paljon vähemmän energiaa kasvaa, ja tekniikka etanolibiomassan jalostamiseksi sen muuttamiseksi etanoliksi paranee koko ajan, mikä lisää etanolin uuttamisen tehokkuutta.
Jotkut ihmiset ovat ehdottaneet, että käsittelemällä syötäviä elintarvikekasveja, kuten maissia, etanolibiomassaa, etanoliteollisuus voisi mahdollisesti vaarantaa elintarviketuotannon vakauden, koska maanviljelijät saattavat olla taipuvaisempia viljelemään elintarvikekasveja etanolin tuotannossa. Etanolibiomassana hyödynnettävät muut kuin elintarvikeviljelykasvit voivat teoriassa myös syrjäyttää elintarvikekasvit, mikä vähentää markkinoilla saatavilla olevaa ruokaa. Etanolin kannattajat uskovat kuitenkin, että tällainen epätasapaino voidaan välttää huolellisella maankäytöllä ja että etanolibiomassan tuotannon ei tarvitse vaikuttaa elintarviketuotantoon.
Etanolienergian toissijainen ongelma on se, että monet hallitukset tukevat voimakkaasti etanolibiomassan tuotantoa. Kriitikot viittaavat siihen, että tuet ovat tukeneet keinotekoisia markkinoita ja että tuen poistaminen antaisi ihmisille mahdollisuuden nähdä, onko etanolille todella markkinoita. Kannattajat huomauttavat, että samankaltaisia tukia on myönnetty monille viljelykasveille ja teollisuudelle ja että joskus tarvitaan tukea uuden teollisuuden tukemiseen, kunnes se voi saavuttaa itsenäisyyden. Tämän teorian mukaan tuen tarve vähenee vähitellen etanolin tuotannon ja etanolin kysynnän kasvaessa.