Ruoansulatusjärjestelmässä on monia erilaisia entsyymejä, jotka hajottavat elintarvikemolekyylejä. Jokaisella näistä entsyymeistä on erilainen rooli, ja jotkut toimivat vain tietyssä elimessä tietyissä olosuhteissa. Suurin osa ruoansulatuksesta tapahtuu ohutsuolessa suurella määrällä erilaisia entsyymejä. Proteiinien pilkkominen on esimerkki monimutkaisesta prosessista, joka suoritetaan eri elimissä eri entsyymiryhmillä. Exopeptidaasit ovat yksi entsyymiryhmä, joka osallistuu proteiinien täydelliseen pilkkomiseen.
Proteiinimolekyylin hajoaminen on hyvin spesifistä, koska mukana olevat entsyymit katkaisevat vain siteet tiettyjen peptidiketjussa olevien aminohappojen vieressä. Kun peptidisidos muodostuu, se on aina yhden aminohapon ja toisen karboksyylipään välillä. Kun aminohapposekvenssi annetaan tietylle peptidiketjulle tai proteiinille, se luetaan yleensä aminopäästä, N -terminaalista viimeiseen aminohappoon, jossa on vapaa karboksyyli, tai C -päähän. Alun perin, vaikka proteiini hajoaa, aminohappoja tuotetaan hyvin vähän.
Proteiinit ovat suuria molekyylejä ja niiden ruuansulatuksessa on useita vaiheita, jotka alkavat mahassa pepsiinillä, joka on yksi kolmesta endopeptidaasista. Kun osittain pilkotut proteiinit siirtyvät mahasta ohutsuoleen, kaksi muuta endopeptidaasia, trypsiini ja kymotrypsiini, hajottavat edelleen proteiineja. Nämä kolme entsyymiä jakavat proteiinin muodostavat pitkät peptidisäikeet eri pituisiksi. Endopeptidaasit on nimetty niin, että ne hajottavat proteiinissa olevat peptidisidokset.
Ruoansulatusprosessin loppuun saattamiseksi yksittäisten aminohappojen tuottamiseksi proteiiniketjusta tarvitaan eksopeptidaasia. Kukin eksopeptidaasi katkaisee sidoksen pääaminohapon ja muun ketjun välillä. On olemassa useita erilaisia eksopeptidaaseja, joista jokaisella on erittäin spesifinen toimintatapa. Siinä missä aminohappo on liitetty muuhun peptidiketjuun ja mitkä aminohapot on liitetty yhteen, on merkitystä määritettäessä, mikä eksopeptidaasi katkaisee sidoksen.
Karboksipeptidaasi on eksopeptidaasi, joka katkaisee sidoksen toisen viimeisen ja viimeisen aminohapon välillä C -pään päässä. Toinen eksopeptidaasi, aminopeptidaasi, suorittaa saman toiminnan, mutta N -terminaalisessa päässä. Muut eksopeptidaasit, joita kutsutaan dipeptidaaseiksi, hajottavat tiettyjä aminohappopareja. Esimerkiksi yksi dipeptidaasi katkaisee vain leusiiniin kytketyn glysiinin välisen sidoksen. Toinen dipeptidaasi vaikuttaa vain peptidisidokseen kahden yhteen liitetyn glysiiniaminohapon välillä.