Faraoninen ympärileikkaus on yksi vakavimmista naisten sukuelinten silpomistapauksista. Maailman terveysjärjestön (WHO) luokittelemana tyypin III sukuelinten silpomiseen tämäntyyppinen leikkaus sisältää klitoriksen ja häpyhuulten poistamisen ja kiinteän tiivisteen luomisen leikkaamalla labia majoran ja ompelemalla ne yhteen. Tämä luo sileän hupun koko emättimen alueelle ja jättää tyypillisesti vain pienen aukon virtsan ja kuukautiskierron vereen. Useimmissa maissa faaraoiden ympärileikkausta pidetään väärinkäytönä tai kidutuksena, ja pyrkimykset tämän käytännön lopettamiseksi asetetaan etusijalle. Jos tämä käytäntö on yleinen ja hyväksytty, sekä naiset että miehet jatkavat usein nuorten tyttöjen hyväksikäyttöä.
Tätä rituaalin silpomista harjoitetaan tunnetuimmin Koillis -Afrikassa, mutta sitä harjoitetaan myös joskus Kaakkois -Aasiassa ja Lähi -idässä. Kun otetaan huomioon kuinka kiistanalainen faraoninen ympärileikkaus on tullut, on harvinaista, että tämäntyyppinen leikkaus suoritetaan sairaalassa anestesiassa tai lääkärin avustuksella. Suurimman osan ajasta tämäntyyppinen silpominen tapahtuu “pensaassa” ilman anestesiaa ja instrumentteja, joita ei ole desinfioitu.
Tyypillisesti faaraoiden ympärileikkaus on rituaalin ympäröimä, ja menettely voi merkitä siirtymistä aikuisuuteen. Varsinainen leikkaus käsittää yleensä klitoriksen ja häpyhuulten amputoimisen, sen jälkeen ompelemalla yhteen häpyhuulten raa’at reunat tyypillisen hupullisen tiivisteen muodostamiseksi. Jotta näin vakava haava paranisi, tytön jalat on usein sidottava yhteen useiden viikkojen ajan. Yhdyntä on erittäin vaikeaa näin pienellä reiällä, joten miehen on tyypillisesti leikattava vaimonsa auki peniksen asettamiseksi. Synnytykseen liittyy yleensä samanlainen leikkaus, ja koko haava on joskus avattava lapsen kuoleman estämiseksi.
Vaikka on varmasti perusteluja siitä, että muiden kulttuurien käytäntöjen kunnioittaminen on tärkeää, faaraoiden ympärileikkaus on yleensä vapautettu tästä harkinnasta. Vaikka tämänkaltaisia rituaaleja noudatetaan monista kulttuurisista syistä, on yleisesti hyväksytty, että naisten sukuelinten silpominen on vaarallista naisille ja voi johtaa elinikäiseen kipuun ja kärsimykseen. Jotkut menestyksekkäimmistä pyrkimyksistä lopettaa faaraoiden ympärileikkaus ja muut naisten järjestelmällisen hyväksikäytön muodot ovat keskittyneet nuorten naisten “ostamiseen” heidän perheistään, jotta paine näiden miesten aviomiesten löytämiselle helpottuu. Maksamalla vanhemmille, etteivät ne silpoa tyttäriään, hyväntekeväisyysjärjestöt voivat usein lopettaa väärinkäytön kokonaisissa yhteisöissä, koska tytöt, joita ei ole silpottu, eivät yleensä jatka tätä käytäntöä omilla lapsillaan.