Toisinaan voi olla tarpeen, että tietyt kehon solut joutuvat ohjelmoidun itsetuhon läpi prosessissa, jota kutsutaan apoptoosiksi. Solut voivat ryhtyä apoptoosiin vasteena infektioille tai vaurioille tai yksinkertaisesti osana kudoksen kasvun kokonaiskurssia. Tämä ohjelmoitu kuolema aktivoidaan signaalinsiirtoreitillä, jonka laukaisee erityinen proteiini, jota kutsutaan Fas -ligandiksi. Toinen proteiini, jota kutsutaan Fas-reseptoriksi, on olemassa monien solujen pinnalla, ja se on paikka, jossa tämä ligandi voi kiinnittyä ja aiheuttaa itsetuhoisen vasteen. Muutokset tähän reittiin, mukaan lukien reseptorin ja ligandin välinen suhde, voivat liittyä joihinkin sairaustiloihin.
Fas -reseptorin sitominen mahdollistaa ohjelmoidun solukuoleman aktivoinnin. Fas -ligandit sisältävät kolme aluetta, joiden kaikkien on liityttävä vastaaviin alueisiin solun pinnalla tämän prosessin käynnistämiseksi. Tämän jälkeen Fas -reseptori välittää signaaleja vaurioituneen solun sisäpuolelle, ja muut proteiinialueet, joita kutsutaan kuoleman domeeneiksi, liittyvät ligandin ja reseptorin kanssa muodostaen kompleksin. Tämä kompleksi aktivoi sitten ja vapauttaa kaspaaseiksi kutsuttuja yhdisteitä ja tappaa solun.
Oikea immuunijärjestelmän toiminta perustuu ainakin osittain Fas -reseptorin läsnäoloon soluissa. Tartunnan saaneet solut ja tietyt immuunisolut, joita kutsutaan lymfosyyteiksi, joita elimistö ei enää tarvitse, voidaan tuhota kontrolloidulla tavalla apoptoosiprosessin kautta. Myöhemmin elimistö voi käyttää niiden ainesosia uudelleen tai hävittää ne tarpeen mukaan. Kun immuunijärjestelmä tunnistaa, T-soluiksi kutsutut valkosolut käyttävät Fas-ligandia muuttamaan kuolemaan kohdistettujen solujen Fas-reseptorin aktiiviseksi muotoksi, ja ligandi voi tunnistaa kolme aluetta. Sitoutuminen tapahtuu niin, että nämä tarpeettomat tai mahdollisesti haitalliset solut voidaan eliminoida tavalla, joka yleensä ei vahingoita lähellä olevia soluja.
Tietyt sairaustilat voivat sisältää Fas -reseptorin ja sen ligandin välisen normaalin suhteen katkeamisen. Kasvainsolut voivat tuottaa epänormaalin suuria määriä ligandiproteiinia, mikä voi vahingoittaa läheisiä soluja, tuottaa enemmän ravintoaineita kasvaimelle ja estää immuunijärjestelmää vahingoittamasta sitä. Autoimmuunipuutosoireyhtymä (AIDS) voi aiheuttaa sen vaikutuksia, että se tappaa valkosoluja aktivoimalla Fas -reseptorin väärin näihin soluihin. AIDSin etenemisen aikana apoptoosireitti näyttää olevan helpompi laukaista, mikä voi johtua herkkyydestä tälle aktivoitumiselle.