Fylogeneettinen jäänne on ruumiillinen elin, joka on menettänyt todellisen käytön ja on edelleen olemassa vain siksi, että sen olemassaoloa vastaan ei ole erityisen voimakasta valintapaineita. Yleinen esimerkki ihmisistä on liite. Liitteen uskotaan olevan fylogeneettinen jäänne monista kasvinsyöjistä läsnä olevasta ruumiinelimestä, nimeltään cecum, joka sisältää erityisiä bakteereja selluloosan, kasvien kovan materiaalin, sulattamiseen. Ihmisen lisäyksestä puuttuvat nämä bakteerit, joten ihmiset eivät pysty sulattamaan selluloosaa.
Käpylisäke pidettiin aikoinaan fylogeneettisenä jäännöksenä, kunnes 1960 -luvulla havaittiin tuottavan melatoniinia, vuorokausirytmiä säätelevää hormonia. Käpyrauhasen ainutlaatuisuus ja salaperäisyys saivat René Descartesin kutsumaan sitä ”sielun istuimeksi”, ruumiilliseksi elimeksi, joka yhdisti ihmiset Jumalaan, vaikka emme ole nähneet tämän teorian edenneen biologian aikakauslehdissä viime aikoina.
Joskus termiä fylogeneettinen jäänne käytetään myös kuvaamaan lajeja, joilla ei ole nykyisiä serkkulajeja ja joilla on enemmän yhteistä satoja miljoonia vuosia sitten eläneiden lajien kanssa kuin nykyään. Näitä ovat syklat, hevosenkengänrapu ja kuuluisa coelacanth, jonka alun perin uskottiin kuolleen sukupuuttoon kymmeniä miljoonia vuosia ja joka pyydettiin Afrikan rannikolta vuonna 1938. Nämä lajit ovat muuttuneet vähän satojen miljoonien vuosien aikana vuotta. Fylogeneettisiä pyhäinjäännöksiä kutsutaan joskus myös eläviksi fossiileiksi.
Vampire Squid tai Vampyroteuthis infernalis, joka tarkoittaa “vampyyrikalmaria helvetistä”, on pieni samettinen musta organismi, joka asuu syvällä meressä. Se ei ole kalmari eikä mustekala vaan suurelta osin sukupuuttoon kuolleen suvun filogeeninen jäänne. Tuataralla, eräänlaisella matelijalajilla, on pitkälle kehittynyt käpyrauhanen, jossa on keskivaiheinen käpypesä, parafysiikka ja käpypussit, toisin kuin homogeeninen käpyrauhanen, mikä viittaa siihen, että käpyrauhanen on todellakin osa jäänne pienestä huolimatta hormonaalinen rooli ihmisessä. Tällaisten todisteiden avulla voimme arvioida, onko tietty kehon elin tai laji fylogeneettinen jäänne.
Jossain vaiheessa biologit ovat väittäneet erilaisia haita, jyrsijöitä, äyriäisiä, kasveja ja monia muita fylogeneettisiksi jäänteiksi. Yksi äyriäinen, Neoglyphea neocaledonica, näyttää oudolta ristiltä katkarapun ja hummerin välillä. Löydät monia muita mielenkiintoisia eläviä fossiileja, jos teet haun termistä Internetissä.