Fluoreskeiini on fluoresoiva väriaine, jota käytetään useissa eri sovelluksissa tieteissä ja lääketieteessä. Puhtaassa tilassa fluoreskeiini on punainen tai oranssi jauhe, joka liuotetaan emäksisiin liuoksiin, jolloin muodostuu keltainen liuos, joka hehkuu vihreänä. Suoran fluoreskeiinin käytön lisäksi tutkijat työskentelevät myös yhdisteen eri johdannaisten kanssa, jotka on suunniteltu konjugoitumaan tietyntyyppisiin molekyyleihin ja suorittamaan muita toimintoja.
Lääketieteessä tällä yhdisteellä on laaja käyttöalue. Silmälääkärit käyttävät sitä silmätutkimuksissa, värjäten silmän väriaineella etsimään sarveiskalvon kyyneleiden merkkejä, ja he voivat myös käyttää sitä verkkokalvon fluoreskeiiniangiografiaan käyttämällä väriainetta etsimään vuotoja silmän verisuonten sisällä . Kemikaalia voidaan käyttää myös merkkiaineena muilla kehon alueilla, ja sitä käytetään mikroskoopissa ja tahrana. Lisäksi fluoreskeiinijohdannaisia käytetään laboratoriossa yhdisteiden tunnistamiseen nestenäytteistä, ja kemikaali kiinnittyy tiettyihin proteiineihin toimimaan lippuna.
Laboratoriotieteessä fluoreskeiinia voidaan käyttää proteiinien leimaamiseen ja moniin muihin tehtäviin. Laboratorion ulkopuolella tätä väriainetta käytettiin historiallisesti jokivirran ja epäpuhtausvirtojen jäljittämiseen, vaikka se on korvattu joillakin alueilla näiden käytäntöjen ympäristövaikutusten vuoksi. Tätä yhdistettä käytetään myös väriainelasereissa ja joissakin muissa tieteellisissä laitteissa, joiden on kyettävä fluoresoimaan.
Merentutkijat ja hydrologit ovat historiallisesti käyttäneet fluoreskeiinia jäljittääkseen virtauksia kiinnostavien vesistöjen läpi. Tässä tapauksessa ”pistelähteenä” tunnettu kuorma vapautetaan tiettyyn paikkaan ja sitä seurataan sen liikkuessa veden läpi. Sen lisäksi, että fluoreskeiinin liikettä voidaan antaa tietoja nykyisestä virtauksesta, sitä voidaan käyttää myös epäpuhtauksien jäljittämiseen merkitsemällä epäpuhtaus yhdisteellä ja katsomalla, mihin se menee. Näitä tietoja voidaan käyttää ympäristön puhdistamiseen.
Useat kemian yritykset valmistavat fluoreskeiinia ja tämän yhdisteen johdannaisia, kuten fluoreskeiini -isotiosyanaattia. Nämä yritykset voivat myydä tuotteen jauheena tai liuoksena pakattuna erikokoisina käyttäjien tarpeiden mukaan. Tämä yhdiste on yksi yleisimmin käytetyistä fluoresoivista molekyyleistä, ja tieteellisiltä verkkosivuilta löytyy lukuisia valokuvia, joissa tämä kemiallinen yhdiste on toiminnassa.